3 方法論中的整體論
整體論指方法論上不能或反對把整體分解爲各個部分來認識的思想。與還原論思想相反。其特點是強調事物的整體性，整體與部分具有本質區別，不能用只存在於諸部分的本質和規律來說的整體的本質和規律，整體就是整體，只能用整體水平的本質和規律來解釋整體。這種思想正確地強調了事物的整體性，但對整體與部分的辯證關係缺乏充分、全面的理解，不能或反對打開通過各部分了解整體的道路，因而對整體的認識並不深刻和充分，從而對事物的全部認識也就不完備。這種方法論思想流行於古代，是在當時沒有手段和條件把整體分解爲諸部分的情況下自然形成的，不可避免地帶有直觀性、籠統性、思辨性等特徵。恩格斯指出：“這種觀點雖然正確地把握了現象的總畫面的一般性質，卻不足以說明構成這幅總畫面的各個細節；而我們要是不知道這些細節，就看不清總畫面。”（《馬克思恩格斯全集》第20卷第23頁）近代以來隨着還原研究的發展，整體論成爲反對還原論的一種思想。
4 生物學中的整體論
整體論指生物學中與機械論相反的理論。它強調生物的整體性，認爲整體內部各部分之間的整合作用與相互聯繫規定着整體的性質。英國生物學家斯穆茨（1870～1950）在《整體論與進化》（1926）一書中首先提出這種理論，認爲整體是自然的本質，進化是整體的創造過程。現代的進化論者、胚胎學家、理論生物學家所主張的整體論有了新的發展，強調生命系統是有機整體，各部分之間存在相互聯繫和相互作用，不是鬆散的堆砌和同質的集合；整體的性質大於各部分性質的總和並有新性質出現；離開整體的結構與功能不可能對其組成部分有完備的理解；有機整體有歷史性，它的現在包含着過去與未來，過去和未來與現在相互作用。因此，反對以機械的“加和”觀點來理解生物，認爲還原研究不能真正認識生命現象。