5 分類類型
科
6 黃病毒科成員
| 屬 | 種 | 分離株組 | 型 |
| 黃病毒屬（Flavivirus） | 加德格茲谷病毒（Gadgets Gully virus） | ||
| 科薩努森林病毒（Kyasanur Forest disease virus） | |||
| 蘭加特病毒（Langat virus） | |||
| 綿羊跳躍病病毒（Louping ill virus） | 綿羊跳躍病病毒（Louping ill virus） | ||
| 綿羊跳躍病病毒英國亞型（Louping ill virus British subtype） | |||
| 綿羊跳躍病病毒愛爾蘭亞型（Louping ill virus Irish subtype） | |||
| 綿羊跳躍病病毒西班牙亞型（Louping ill virus Spanish subtype） | |||
| 綿羊跳躍病病毒土耳其亞型（Louping ill virus Turkish subtype） | |||
| 鄂木斯克出血熱病毒（Omsk hemorrhagic fever virus） | |||
| 波瓦桑病毒（Powassan virus） | |||
| 皇家農場病毒（Royal Farm virus） | 喀什病毒（Karshi virus） | ||
| 蜱傳腦炎病毒（Tick-borne encephalitis virus） | 蜱傳腦炎病毒歐洲型（Tick-borne encephalitis virus European subtype） | ||
| 蜱傳腦炎病毒遠東型（Tick-borne encephalitis virus Far Eastern subtype） | |||
| 蜱傳腦炎病毒西伯利亞型（Tick-borne encephalitis virus Siberian subtype） | |||
| 卡達姆病毒（烏幹）（Kadam virus） | |||
| 米班病毒（Meaban virus） | |||
| 索馬里茲礁病毒（Saumarez Reef virus） | |||
| 秋列尼病毒（Tyuleniy virus） | |||
| 阿羅阿病毒（Aroa virus） | 布蘇誇拉病毒（Bussuquara virus） | ||
| 伊瓜佩病毒（Iguape virus） | |||
| 納蘭哈爾病毒（Naranjal virus） | |||
| 登革熱病毒（Dengue virus） | 登革熱病毒1型（Dengue virus type 1） | ||
| 登革熱病毒2型（Dengue virus type 2） | |||
| 登革熱病毒3型（Dengue virus type 3） | |||
| 登革熱病毒4型（Dengue virus type 4） | |||
| 凱杜古病毒（Kedougou virus） | |||
| 卡西帕科利病毒（Cacipacore virus） | |||
| 庫坦戈病毒（Koutango virus） | |||
| 日本腦炎病毒（Japanese encephalitis virus） | |||
| 阿波依病毒（Apoi virus） | |||
| 牛骨山脊病毒 （Cowbone Ridge virus） | |||
| 胡蒂亞帕病毒（Jutiapa virus） | |||
| 摩多克病毒（Modoc virus） | |||
| 薩爾別霍病毒（Sal Vieja virus） | |||
| 聖帕利塔病毒（San Perlita virus） | |||
| 布卡拉沙蝙蝠病毒（Bukalasa bat virus） | |||
| 凱里島病毒（Carey Island virus） | |||
| 達卡爾蝙蝠病毒（Dakar bat virus） | |||
| 蒙大拿蝠白細胞腦炎病毒（Montana myotis leukoencephalitis virus） | |||
| 金邊蝙蝠病毒（Phnom Penh bat virus） | 黑風洞病毒（Batu Cave virus） | ||
| 里約布拉沃病毒（Rio Bravo virus） | |||
| 塔馬納蝙蝠病毒（Tamana bat virus） | |||
| 細胞融合因子病毒（Cell fusing agent virus） | |||
| 墨雷谷腦炎病毒（Murray Valley encephalitis virus） | 阿爾弗病毒（Alfuy virus） | ||
| 聖路易斯腦炎病毒（ Louis encephalitis virus） | |||
| 烏蘇圖病毒（Usutu virus） | |||
| 西尼羅河病毒（West Nile virus） | 庫京病毒（Kunjin virus） | ||
| 雅溫德病毒（Yaounde virus） | |||
| 科科百拉病毒（Kokobera virus） | 斯特拉特福病毒（Stratford virus） | ||
| 巴加扎病毒（Bagaza virus） | |||
| 伊列烏斯病毒（Ilheus virus） | 羅西奧病毒（Rocio virus） | ||
| 以色列火雞腦膜炎病毒（Israel turkey meningoencephalomyelitis virus ） | |||
| 恩塔亞病毒（Ntaya virus） | |||
| 坦布蘇病毒（Tembusu virus） | |||
| 寨卡病毒 （Zika virus） | 斯龐德溫尼病毒（Spondweni virus） | ||
| 班齊病毒（Banzi virus） | |||
| 博博衣病毒（Bouboui virus） | |||
| 邊山病毒（Edge Hill virus） | |||
| 朱格拉病毒（Jugra virus） | |||
| 薩沃亞病毒（Saboya virus） | 波蒂斯庫姆病毒（Potiskum virus） | ||
| 塞皮克病毒（Sepik virus） | |||
| 烏干達S病毒（Uganda S virus） | |||
| 韋塞爾斯布朗病毒（Wesselsbron virus） | |||
| 黃熱病毒（Yellow fever virus） | |||
| 恩德培蝙蝠病毒（Entebbe bat virus） | 索科盧克病毒（Sokoluk virus） | ||
| 橫須賀病毒（Yokose virus） | |||
| 瘟病毒屬（Pestivirus） | 邊境病病毒（Border disease virus） | 邊境病病毒BD31株（Border disease virus- BD31） | |
| 邊境病病毒X818株（Border disease virus -X818） | |||
| 牛病毒性下痢病病毒1型（Bovine viral diarrhea virus 1） | 牛病毒性下痢病病毒NADL株（Bovine viral diarrhea virus 1-NADL） | ||
| 牛病毒性下痢病病毒厄斯勒斯株（Bovine viral diarrhea virus 1-Osloss） | |||
| 牛病毒性下痢病病毒SD-1株（Bovine viral diarrhea virus 1-SD-1） | |||
| 牛病毒性下痢病病毒CP7株（Bovine viral diarrhea virus 1-CP7） | |||
| 牛病毒性下痢病病毒2型（Bovine viral diarrhea virus 2） | 牛病毒性下痢病病毒890株（Bovine viral diarrhea virus 2-890） | ||
| 牛病毒性下痢病病毒C413株（Bovine viral diarrhea virus 2-C413） | |||
| 牛病毒性下痢病病毒紐約93株（Bovine viral diarrhea virus 2-New York’93） | |||
| 豬瘟病毒（Classical swine fever virus ） | 豬瘟病毒奧爾福德/187株（Classical swine fever virus -Alfort/187） | ||
| 豬瘟病毒奧爾福德-蒂賓根株（Classical swine fever virus -Alfort-Tübingen） | |||
| 豬瘟病毒佈雷西亞株（Classical swine fever virus- Brescia） | |||
| 豬瘟病毒C-株（Classical swine fever virus -C strain） | |||
| 長頸鹿瘟病毒 （Pestivirus of giraffe） | |||
| 丙型肝炎病毒屬（Hepacivirus） | 丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus） | 丙型肝炎病毒1組（Hepatitis C virus cluster 1） | 丙型肝炎病毒基因型 1 a（Hepatitis C virus genotype 1a） |
| 丙型肝炎病毒基因型 1b（Hepatitis C virus genotype 1b） | |||
| 丙型肝炎病毒2組（Hepatitis C virus cluster 2） | 丙型肝炎病毒基因型 2 a（Hepatitis C virus genotype 2a） | ||
| 丙型肝炎病毒基因型 2b（Hepatitis C virus genotype ） | |||
| 丙型肝炎病毒3組（Hepatitis C virus cluster 3） | 丙型肝炎病毒基因型 3 a（Hepatitis C virus genotype 3a） | ||
| 丙型肝炎病毒基因型 10 a（Hepatitis C virus genotype 10a） | |||
| 丙型肝炎病毒4組（Hepatitis C virus cluster 4） | 丙型肝炎病毒基因型 4 a（Hepatitis C virus genotype 4a） | ||
| 丙型肝炎病毒5組（Hepatitis C virus cluster 5） | 丙型肝炎病毒基因型 5 a（Hepatitis C virus genotype 5a） | ||
| 丙型肝炎病毒6組（Hepatitis C virus cluster 6） | 丙型肝炎病毒基因型 6 a（Hepatitis C virus genotype 6a） | ||
| 丙型肝炎病毒基因型 11 a（Hepatitis C virus genotype 11a） | |||
| GB病毒B型（GB virus B） | |||
| GB病毒A樣因子（GB virus A-like agent） | |||
| GB病毒C型（GB virus C） | |||
| 庚型肝炎病毒-1（Hepatitis G virus-1） |
7 黃病毒科基本特性
黃病毒科病毒粒子爲球形顆粒，直徑40－60nm，有包膜和包膜突起，病毒核心亦球形。病毒基因組爲不分節段的正鏈單股RNA，分子大小各屬不同，黃病毒屬爲10.7kb，瘟病毒屬爲12.5kb，丙肝病毒屬爲9.5kb。基因組RNA的5’端可能有帽子結構，即m7GpppAmp，3’末端沒有poly（A）尾，但有一段十分保守的核苷酸序列，能夠形成穩定的髮夾結構，3’端的髮夾結構可能與RNA複製時的核衣殼化有關。
黃病毒成員的病毒粒子含有2種或3種膜相關蛋白，含有一種核心蛋白，黃病毒、瘟病毒和丙肝病毒同類蛋白間沒有可檢測的序列相似性。但在三個病毒屬成員間，非結構蛋白中一些具特異功能活性的氨基酸序列基元保守。
黃病毒科三個屬的RNA基因組有相似的組成，且是僅有的在感染細胞中發現病毒mRNA。病毒基因組含有單一的ORF，側翼的5’-和3’-末端是NCRs，它們形成基因組複製和翻譯需要的特異二級結構。在黃病毒屬成員中，翻譯起始依賴於帽子，而瘟病毒屬和丙肝病毒屬成員報道有IRES。病毒蛋白是作爲3000個氨基酸以上多蛋白的一部分合成，它們在翻譯的同時或者在翻譯後由病毒或細胞蛋白酶切割。結構蛋白在多蛋白的N-端，非結構蛋白在其餘部分。非結構蛋白包括絲氨酸蛋白酶、RNA解懸酶、RdRp。RNA合成發生在與內質網相連的細胞質，經歷全長負鏈中間體的合成。病毒粒子和囊膜的裝配發生在細胞內膜。在通過胞吐釋放病毒顆粒前，它們經過分泌途徑被轉移到質膜空泡中。