3 基本信息
ICS 11.020
C 61
中華人民共和國衛生行業標準WS/T 633—2018《巴貝蟲檢測 蟲種核酸鑑定法》(Detection of Babesia spp.——Identification of species by nucleic acidmethod)由中華人民共和國國家衛生健康委員會於2018年09月26日《關於發佈〈土源性線蟲病的傳播控制與阻斷〉等6項推薦性衛生行業標準的通告》(國衛通〔2018〕21號)發佈,自2019年04月01日起實施。
4 發佈通知
關於發佈《土源性線蟲病的傳播控制與阻斷》等6項推薦性衛生行業標準的通告
國衛通〔2018〕21號
現發佈《土源性線蟲病的傳播控制與阻斷》等6項推薦性衛生行業標準,編號和名稱如下:
WS/T 630—2018 日本血吸蟲抗體檢測 間接紅細胞凝集試驗
WS/T 631—2018 日本血吸蟲毛蚴檢測 尼龍絹袋集卵孵化法
上述標準自2019年4月1日起施行。
特此通告。
國家衛生健康委員會
2018年9月26日
5 前言
本標準按照 GB/T 1.1—2009 給出的規則起草。
本標準起草單位:中國疾病預防控制中心寄生蟲病預防控制所、復旦大學、第二軍醫大學。本標準起草人:劉琴、周曉農、張儀、胡薇、陳家旭、朱淮民。
6 標準正文
6.1 1 範圍
6.2 2 規範性引用文件
下列文件對於本文件的應用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,僅所注日期的版本適用於本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用於本文件。
WS/T 564 巴貝蟲病診斷
6.3 3 術語和定義
下列術語和定義適用於本文件。
3.1
巴貝蟲 Babesia spp.
一類寄生於人和脊椎動物紅細胞內的原蟲,可引起巴貝蟲病(babesiosis)。感染人體的巴貝蟲種類主要有田鼠巴貝蟲 (Babesia microti)、分歧巴貝蟲(B. divergens)、鄧肯巴貝蟲(B. duncani)和獵戶巴貝蟲(B. venatorum)等(參見附錄A)。
6.4 4 儀器和器材
6.4.1 4.1 高速離心機
最大相對離心力爲 12 000×g。
6.4.2 4.2 渦旋儀
無級調速範圍爲 200 r/min~3 000 r/min。
6.4.3 4.3 PCR 擴增儀
溫度範圍爲 4℃~99 ℃,溫度精確爲 0.1 ℃,熱蓋爲 105 ℃。
6.4.4 4.4 微波爐
6.4.5 4.5 電泳儀
電壓爲 5 V~5 000 V,電流爲 1 mA~500 mA。
6.4.6 4.6 凝膠成像系統
鏡頭分辨率(H × V)爲 1 360 × 1 024,光源爲透射 UV。
6.5 5 試劑和材料
6.5.1 5.1 分子生物學試劑
Taq 酶、脫氧核糖核苷三磷酸(dNTPs)、分子質量指示物及核酸提取試劑盒選用商品化產品。
6.5.2 5.2 化學試劑
Tris-乙酸電泳緩衝液(TAE)、瓊脂糖凝膠、6×加樣緩衝液(參見附錄B)。
6.5.3 5.3 引物
擴增巴貝蟲 18S 核糖體RNA (18S rRNA)基因和轉錄間隔區(ITS)基因的特異性引物(見附錄C)。
6.5.4 5.4 參照材料
陽性對照爲田鼠巴貝蟲 peabody mjr 株基因組 DNA。
6.6 6 檢測步驟
6.6.1 6.1 樣品
6.6.2 6.2 蟲種核酸鑑定
6.6.2.1 6.2.1 核酸提取
基因組DNA提取採用商品化全血DNA提取試劑盒(參見附錄 B)。
6.6.2.2 6.2.2 18S rRNA 基因擴增
見附錄 C。
6.6.2.3 6.2.3 ITS 基因擴增
見附錄 C。
6.6.2.4 6.2.4 結果判定
6.6.2.4.1 6.2.4.1 電泳分析
6.2.4.1.1 電泳取第二輪PCR產物 5 µL與 1 μL 6×加樣緩衝液混合,加樣於含溴化乙錠替代物的1.0%瓊脂糖凝膠中,在1×TAE 緩衝液中,5 V/cm 電泳約 40 min,當溴酚藍到達底部時停止電泳,用凝膠成像系統或紫外分析儀分析。
6.2.4.1.2 PCR 結果判斷6.2.4.1.2.1 PCR 擴增巴貝蟲 18S rRNA 基因,出現大小爲 400 bp 左右特異性的擴增片段,空白對照和陰性對照未出現條帶,PCR 結果陽性。PCR 擴增巴貝蟲 18S rRNA 基因,未出現大小爲400bp左右特異性的擴增片段,空白對照和陰性對照未出現條帶,PCR 結果陰性。6.2.4.1.2.2 PCR 擴增巴貝蟲 ITS 基因,出現大小在 700 bp~2 100 bp 的特異性的擴增片段,空白對照和陰性對照未出現條帶,PCR 結果陽性。PCR 擴增巴貝蟲 ITS 基因,未出現特異性的擴增片段,空白對照和陰性對照未出現條帶,PCR 結果陰性。
6.6.2.4.2 6.2.4.2 測序分析
陽性 PCR 擴增產物進行雙向測序,將序列進行 BLAST 比對分析(見附錄C)。
6.6.2.4.3 6.2.4.3 蟲種鑑定
7 附錄A(資料性附錄)病原生物學
A.1 分類
巴貝蟲(Babesia spp.)屬於頂復門(Apicomplexa)、孢子蟲綱(Sporozoa)、梨形蟲亞綱(Piroplasmasina)、梨形蟲目(Piroplasmida)、巴貝蟲科(Babesiidae)的巴貝蟲屬(Babesia)。目前已鑑定的有100多種巴貝蟲,可以感染牛、馬、羊、犬等多種哺乳動物和鳥類。在100多種巴貝蟲中,既往已知可以感染人的巴貝蟲種類主要有:田鼠巴貝蟲(B. microti)、分歧巴貝蟲(B. divergens)、鄧肯巴貝蟲(B. duncani,也稱爲WA1)和獵戶巴貝蟲(B. venatorum,也被稱爲EU1)等。不同巴貝蟲蟲種引起人體臨牀症狀的比較見表A.1。
A.2 分佈
本病呈地方性流行。
在美國,巴貝蟲病病例主要發現於馬薩諸賽島、紐約州、康涅狄格島、加利福尼亞州以及羅得島。在歐洲,法國、葡萄牙、意大利、波蘭、挪威等地均有人巴貝蟲病病例發生。另外,在埃及、墨西哥、澳大利亞、日本、韓國、巴基斯坦及南非也均有人巴貝蟲病病例報道。在我國雲南、河南、新疆、山東、陝西、浙江、江蘇、廣西、福建及臺灣、香港地區等地均有人巴貝蟲病病例報道。
蟲種 | 地理分佈 | 媒介名稱 | 潛伏期 | 臨牀特徵 | 其他 |
田鼠巴貝蟲(B. microti) | 歐洲、美國、日本、中國、埃及等 | 肩突硬蜱、卵形硬蜱、全溝硬蜱、丹敏硬蜱 | 1周~6周,甚至3個月以上 | 大多數患者症狀比較輕微,只出現一過性的發熱症狀;而重症患者出現瘧疾樣症狀,包括發熱、寒戰、肌肉疼痛、貧血、無力、肝脾腫大、溶血性貧血等 | 一般以50歲以上的老人易感 |
分歧巴貝蟲(B. divergens) | 歐洲 | 篦子硬蜱 | 1周~3周 | 突然起病、血紅蛋白尿、黃疸、休克樣表現 | 脾臟切除和免疫缺陷者易感 |
鄧肯巴貝蟲(B. duncani) | 歐洲、美國等 | 丹敏硬蜱、肩突硬蜱 | 3周~2個月 | 發熱、寒戰、肌肉疼痛、貧血、無力、肝脾腫大、溶血性貧血,持續數週或更長 | 脾臟切除患者易感;易輸血傳播 |
獵戶巴貝蟲(B. venatorum) | 歐洲、中國等 | 蓖子硬蜱、卵形硬蜱 | 不明確 | 大多數患者症狀比較輕微,只出現一過性的發熱症狀;嚴重者表現貧血、血紅蛋白尿、黃疸等症狀 | 免疫功能低下者或者脾切除患者易感 |
8 附錄B(資料性附錄)試劑配製
8.1 B.1 試劑的配製
B.1.1 Tris-乙酸電泳緩衝液(Tris- acetic acid buffer solution,TAE)的配製50× TAE 的配製:三(羥甲基)氨基甲烷(Tris 鹼) 242 g, 冰乙酸57.1 mL,0.5 mol/LEDTA( pH8.0) 100 mL,加去離子滅菌水定容至 1 000 mL,混勻 4℃保存備用。
B.1.2 1× TAE 使用液的配製
50× TAE 20 mL加蒸餾水定容至 1 000 mL,混勻備用。
瓊脂糖 1.0 g 加1× TAE 定容至 100 mL,微波爐加熱完全融化後,溶液冷卻至60 ℃,加10mg/mL 溴化乙錠替代物 5 µL(終濃度0.5 µg/mL),輕輕混勻後,製備凝膠。B.1.4 6×加樣緩衝液的配製
溴酚藍 0.25 g,蔗糖 40 g,加蒸餾水至 100 mL。置於 4 ℃保存備用。
8.2 B.2 DNA的提取
9 附錄C(規範性附錄)PCR 實驗、測序結果分析及標準參考序列
9.1 C.1 PCR擴增引物序列
引物 | 引物名稱 | 引物序列 a | 片段大小b | 參考文獻 |
18S rRNA外側引物 | Bab 5 | 5′-AATTACCCAATCCTGACACAGG-3′ | 400 bp 左右 | [3] |
Bab 8 | 5′-TTTCGCAGTAGTTCGTCTTTAACA-3′ | |||
18S rRNA內側引物 | Bab 6 | 5′-GACACAGGGAGGTAGTGACAAGA-3′ | ||
Bab 7 | 5′-CCCAACTGCTCCTATTAACCATTAC-3′ | |||
ITS外側引物 | ITS-F3 | 5′-GGTGGTGCATGGCCG-3′ | 700 bp~2 100 bp | [4] |
ITS-R3 | 5′-T(A/T)GCGCTTCAATCCC-3′ | |||
ITS 內側引物 | ITS-F4 | 5′-GAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCG-3′ | ||
ITS-R4 | 5′-GCTTCACTCGCCGTTACTAGG-3′ | |||
a 18S rRNA 基因引物序列和 PCR 反應引自 WS/T 564 。 b 不同蟲種片段大小不同。 |
9.2 C.2 引物配製
引物用去離子滅菌水配製成100 μmol/L儲備液。然後取出一部分,加入相應體積的去離子滅菌水稀釋成20 μmol/L的工作液備用。
9.3 C.3 18S rRNA PCR反應體系及反應條件
9.3.1 C.3.1 18S rRNA PCR第一輪反應
C.3.1.1 以引物Bab 5和Bab 8進行第一輪擴增,反應體系爲 50 μL。
Taq 酶(5 U/μL) 0.25 μL
10×PCR緩衝液(含15 mmol/L Mg2+) 5 μL
25 mmol/L dNTPs 4 μL
20 μmol/L Bab 5 1.5 μL
720μmol /L Bab 8 1.5 μL
基因組DNA模板(約70 ng) 2 μL
總計 50 μL
C.3.1.2 PCR 條件
95 ℃ 5 min;95 ℃ 45 s,55 ℃ 45 s,72 ℃ 1 min,共35個循環;72 ℃7 min;4 ℃∞。
9.3.2 C.3.2 18S rRNA PCR第二輪反應
C.3.2.1 取第一輪PCR產物2 μL爲模板,以引物Bab 6和Bab 7進行第二輪擴增,反應體系爲50μL。
Taq 酶(5 U/μL) 0.25 μL
10×PCR 緩衝液(含 15 mmol/L Mg2+) 5 μL
25 mmol/L dNTPs 4 μL
20 μmol /L Bab6 1.5 μL
20 μmol /L Bab7 1.5 μL
第一輪PCR產物 2 μL
總計 50 μL
C.3.2.2 PCR 條件
95 ℃ 5 min;94 ℃ 45 s,55 ℃ 45 s,72℃ 1 min,共35個循環;72 ℃7 min;4 ℃∞。
9.4 C.4 ITS PCR反應體系及反應條件
9.4.1 C.4.1 ITS PCR第一輪反應
C.4.1.1 以引物ITS-F3和ITS-R3進行第一輪擴增,反應體系爲 50 μL。
Taq 酶(5 U/μL) 0.25 μL
10×PCR 緩衝液(含15 mmol/L Mg2+) 5 μL
25 mmol/L dNTPs 4 μL
20 μmol /L ITS-F3 1.5 μL
20 μmol/L ITS-R3 1.5 μL
基因組DNA模板(約70 ng) 2 μL
總計 50 μL
C.4.1.2 PCR條件
95 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,50 ℃ 30 s,72 ℃ 2 min,共35個循環;72 ℃10 min;4 ℃∞。
9.4.2 C.4.2 ITS PCR第二輪反應
C.4.2.1 取第一輪PCR產物 2 μL爲模板,以引物ITS-F4和ITS-R4進行第二輪擴增,反應體系爲50μL。
Taq 酶(5 U/μL) 0.25 μL
10×PCR緩衝液(含15 mmol/L Mg2+) 5 μL
25 mmol/L dNTPs 4 μL
20 μmol /L ITS-F4 1.5 μL
20 μmol /L ITS-R4 1.5 μL
第一輪PCR產物 2 μL
總計 50 μL
C.4.2.2 PCR 條件
95 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,60 ℃ 30 s,72 ℃ 2 min,共35個循環;72 ℃10 min;4 ℃∞。注:PCR實驗符合WS/T 230的規定。
9.5 C.5 測序結果分析
序列同源性分析利用Blastn(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome),根據序列的相似度,判斷樣本所擴增序列的巴貝蟲種類:
a)18S rRNA 基因序列與GenBank中巴貝蟲18S rRNA序列相似度96%以上,或是ITS 基因序列與GenBank中ITS 序列相似度95%以上,判定爲巴貝蟲;
b) 18S rRNA 基因序列與田鼠巴貝蟲18S rRNA序列相似度99%以上,或是ITS 基因序列與田鼠巴貝蟲ITS 序列相似度 98%以上,判定爲田鼠巴貝蟲;
c)18S rRNA 基因序列與分歧巴貝蟲18S rRNA序列相似度99%以上,或是ITS 基因序列與分歧巴貝蟲ITS 序列相似度98%以上,判定爲分歧巴貝蟲;
d)18S rRNA 基因序列與鄧肯巴貝蟲18S rRNA序列相似度99%以上,判定爲鄧肯巴貝蟲;
e)18S rRNA 基因序列與獵戶巴貝蟲18S rRNA序列相似度99%以上,判定爲獵戶巴貝蟲。
9.6 C.6 標準參考序列
9.6.1 C.6.1 18S rRNA 標準參考序列
C.6.1.1 田鼠巴貝蟲18S rRNA 基因參考序列(參考序列GenBank序列號爲KU204794,其在該基因中起始位置爲405-811)
GACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCTTAAAGTCTTGTAATTGGAATGATGGGAATCTAAACCCTTCCCAGAGTATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAGAAGCTCGTAGTTGAATTTCTGCCTTGTCATTAATCTCGCTTCCGAGCGTTTTTTTATTGACTTGGCATCTTCTGGATTTGGTGCCTTCGGGTACTATTTTCCAGGATTTACTTTGAGAAAACTAGAGTGTTTCAAACAGGCATTCGCCTTGAATACTACAGCATGGAATAATGAAGTAGGACTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTATTGAGCCAGAGTAATGGTTAATAGGAGCAGTTGGG (407 bp)
C.6.1.2 分歧巴貝蟲18S rRNA 基因參考序列(參考序列GenBank序列號爲KP745627,其在該基因中起始位置爲347-725)
GACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCAATTGTCTTGTAATTGGAATGATGGTGACCTAAACCCTCACCAGAGTAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAACTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAATTTTTGCGTGGTGTTAATATTGACTAATGTCGAGATTGCACTTCG
CTTTTGGGATTTATCCCTTTTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGACTTTTGTCTTGAATACTTCAGCATGGAATAATAGAGTAGGACTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTGTGAACCTTAGTAATGGTTAATAGGAACGGTTGGG(379 bp)
C.6.1.3 鄧肯巴貝蟲18S rRNA 基因參考序列(參考序列GenBank序列號爲HQ289870,其在該基因中起始位置爲445-842)
GACACCGTGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCTTAAAGCTTTGTAATTGGAATGATGGGAATCCAAACCCCTTCCAGAGTATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAACTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTCTGCCGCTTGGCCTTCGTTCCCCTTGGGGTTTCGTTCGCCTGGTGGCTTACCTCTGGCGGTGGTTCTCCATTTGCCAGTTTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCTTTTGCCTTGAATACTTCAGCATGGAATAATAAAGTAGGACTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCAGGACCAAAGTAATGGTTAATAGGAACAGTTGGG (398 bp)
C.6.1.4 獵戶巴貝蟲18S rRNA基因參考序列(參考序列GenBank序列號爲KF724377,其在該基因中起始位置爲423-801)
GACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCAATTGTCTTGTAAATGGAATGATGGTGACCTAAACCCTCACCAGAGTAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAACTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAATTTCTGCGTTATCGAGTTATTGACTCTTGTCTTTAATCGATTTCGCTTTTGGGATTTATCCCTTTTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGACTTTTGTCTTGAATACTTCAGCATGGAATAATAGAGTAGGACTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTTTGAACCTTAGTAATGGTTAATAGGAACGGTTGGG(379 bp)
9.6.2 C.6.2 ITS標準參考序列
C.6.2.1 田鼠巴貝蟲ITS 標準參考序列(參考序列GenBank序列號爲 AF510198,其在該基因中起始位置爲1-828)
TTAAAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTCTTATTAGAATTCTATGTATCCGTTTGGGTACGCTGGCCCGTGCGCTTGGTCGCACCTTTTATAGTAGTGGCCTTGGACGTAGCGGCTGCAACTTGTTGGAGCCGCATCCCCGTGGTGGCACAACGCGTCGGAAGGCGGGTTTGTCCGCTATGGGGCGTTCTCACTCCCAAGGTATTTTCCCCGGGCCTCTGTGTTAGATCATTCTAACGGGCTTGGGGGCTATACTGTCATTCGCTGAGAAGTGCCCCCGTGGCTTTCTTGGCTGCTAACGTGGCTTTTCTCGGAAGGTCATGAGGAGCGATTTGTCTAACAACTACTACGAATATTAAACGAAACAAATTTTCAGCGGTGGATGTCTCGGCTCACACAACGATGAAGGACGCAGCGAAGTGCGATAATCATTGTGAATTGCAGAATTTAGCAAATCAACAGGTTTCTGAATGTATTGTACACACTGCCTCTGTTCGCAAGCAGTGCACCCATTTCAGCGCCTCTTAAAATCCTAAAGTATACCTTTTTCCAAGTATGCTTTGTGAGTGGTGCGCAACAGATTTTCTGTGTGTGCATTTAAGTTGGTGTGACTAGACGCGTTTATCACGCAGAAGGTTCTTTGAAACTTGGACTTGTTTGTGTGGTAGATAGTTTAGTTAGTAGCCGCGGCGTAGAGAATACGTTGCTGATGTTTTTATGGCCTGAAATTGGATGTGATGATCCGCTGAATTTAAGCATATAACTAAGCGGAAGAAAAGAAAATAACAATGATTCCCCT(828 bp)
C.6.2.2 分歧巴貝蟲ITS 標準參考序列(參考序列GenBank序列號爲 EU185801,其在該基因中起始位置爲1-1044)
GGACCGTGGCCTTTCCGATTCGTCGGCTTGGCCTAGGGAAGTCTTGTGAACCTTATCACTTAAAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTCACATTGAATACCCTTGCACAATAGTGCTCGGCTTCGGCATTTACGTTGTGTAAGCTTGCTTGCAGCTGTGACTCTACGTCATGGTCCACTTTTGGTGGTTTCGTATTTGTC
GTTGCCMTGGCGACGTGGTTTCGGTCTTGTTCCGTTTCCATCCCTGCGCTTTTGCGTGGGACGTTGCCCCCTCCCACCCCACCGGGTGTATGTTTACTGCGGTGTAACTACTGTAGTTGGCGTACACTTGGGTTATGCCGTGTCGATACTGATGTTACTAGTGATTGCTCTTTGAGTGGTTGTTAGTGCTACAGTGTTGTCACGGATGCTGCTCGTGGATCTAATAGATTCAAGCAGTTGCTGCTTCGTGCAGTGTTTTGCGTAGCGATTTCGTTACGATAATGCAACTCCGCTCGTTCATCGTCTTGCGTTGTTCGAGTTTGTTTAGAAATTATAAACTTTCAGCGATGGATGTCTTGGCTCACACAACGATGAAGGACGCAGCAAATTGCGATAAGCATTATGACTTGCAGACTTCTGCGATTTAACAGACCTCTGAACGTAACAAACACACCGCCTCTGCTCGCATGCGGTACTCCCGTTTCAGTGAGCCCCCTTTCCTAAAGGAACCACACTTTTACTCCTGGTAATAGTATGGTTAGTCCTTTGCGAGTGGGTGTTGTGACAATCACCTTAATTTCCATAGCATGCTMCCGGGTATCGCCACGTGTGATCTCGAAGCTTCTTGTTGTAATTTATTACTCTAGGCTTCTTTTGAGATGTGCGGCTAGGAATTACTATTGCAGTATTTCTATAGCAAGTGGATGATGCTAGTGTTGTCAGTGCTATAAGTTTTGAATATCGCTCCTGAAATCGGGTGAGGCTATCCGCTGAATTTAAGCATATAATTAAGCGGCAGAAAAGAAAATAACTAT(1044 bp)
9.7 C.7 巴貝蟲PCR電泳結果圖
圖C.1 巴貝蟲臨牀樣品18S rRNA PCR電泳結果圖(1-陽性對照樣品,2、3-河南田鼠巴貝蟲病病例樣品,4、5-浙江,雲南田鼠巴貝蟲病病例樣品,6、7-陰性對照和空白對照樣品)
圖C.2 巴貝蟲臨牀樣品ITS PCR電泳結果圖(1-陽性對照樣品,2、3-河南田鼠巴貝蟲病病例樣品,4、5-浙江,雲南田鼠巴貝蟲病病例樣品,6、7-陰性對照和空白對照樣品)
10 參考文獻
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