2 註解
蛋白表達水平受許多不同因素和過程影響。蛋白穩定性、mRNA穩定性和翻譯效率在蛋白生產和積累中起主要作用。翻譯過程分爲起始、延伸和終止三個期。對於翻譯的起始，原核mRNA需要5'端非翻譯前導序列中有一段叫Shine-Dalgarno序列的特異核糖體結合序列。在真核細胞，有效的起始依賴於圍繞在起始密碼子ATG上下游的一段叫Kozak序列的序列。密碼子利用或偏愛對延伸有深刻的影響。例如，如果mRNA有很多成簇的稀有密碼子，這可能對核糖體的運動速度造成負面影響，大大減低了蛋白表達水平。翻譯終止是蛋白生產必須的一步，但其對蛋白表達水平的影響還沒有被研究清楚。但是最近的科學研究表明終止對蛋白表達水平有很大的影響。總的來說，更有效的翻譯終止導致更好的蛋白表達。
絕大多數生物都有偏愛的圍繞終止密碼子的序列框架。酵母和哺乳動物偏愛的終止密碼子分別是UAA和UGA。單子葉植物最常利用UGA，而昆蟲和大腸桿菌傾向於用UAA。翻譯終止效率可能受緊接着終止密碼子的下游鹼基和緊靠終止密碼子的上游序列影響。在酵母中通過改變圍繞終止密碼子的局部序列框架，翻譯終止效率可能被減低幾個100倍[8]。對於UGA和UAA，緊接着終止密碼子的下游鹼基對有效終止的影響力大小次序爲G>U，A>C；對於UAG是U、A>C>G。
對於大腸桿菌，翻譯終止效率可因終止密碼子及臨近的下游鹼基的不同而顯著不同，從80%（UAAU）到7%（UGAC）[9]。對於UAAN和UAGN系列，終止密碼子下游鹼基對翻譯的有效終止的影響力大小次序爲U>G>A、C。UAG極少被大腸桿菌利用，相比UAAN和UGAN，UAG表現了有效的終止，但其後的鹼基對有效終止的影響力爲G>U，A>C。對於哺乳動物，偏愛的終止密碼子爲UGA，其後的鹼基可以對in vivo翻譯終止有8倍的影響（A、G>>C、U）。對於UAAN系列，in vivo終止效率可以有70倍的差別，UGAN系列爲8倍。如果終止密碼子附近序列沒有最佳化，可能發生明顯增加的翻譯通讀，因此減少了蛋白表達。例如，在兔網狀細胞無細胞翻譯系統裏，UGAC的翻譯通讀可以高達10%，而第四個鹼基如果爲A，G或C，翻譯通讀爲<1%。
總的來說，翻譯起始框架、翻譯終止序列框架和密碼子利用應該仔細選擇，以利於蛋白的最高水平表達。翻譯終止序列框架能幾倍地改變蛋白生產水平。