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閉環DNA指沒有斷口的雙鏈環狀DNA,亦稱爲超螺旋DNA。由於具有螺旋結構的雙鏈各自閉合,結果使整個DNA分子進一步旋曲而形成三級結構。另外如果一條或二條鏈的不同部位上產生一個斷口,就會成爲無旋曲的開環DNA分子。從細胞中提取出來的質粒或病毒DNA都含有閉環和開環這二種分子。可根據兩者與色素結合能力的不同,而將兩者分離開來。