1921年2月23日，國民政府中央衛生委員會在南京召開會議，通過了餘雲岫的“廢止舊醫以掃除醫事衛生之障礙”提案。
1929年2月23日至26日，南京政府衛生部在汪精衛的授意下召開了第一屆中央衛生委員會會議，與會者包括褚民誼、顏福慶、伍連德等當時的醫界名流共14人。餘雲岫以中華民國醫藥學會上海分會會長的身份參加了會議。這次會議沒有一位中醫人士參加。
會議討論了餘雲岫起草的《廢止舊醫以掃除醫事衛生障礙案》。這一提案除了“一個‘醫學外行’次長和一兩個參事抱懷疑態度外，其餘是滿場一致通過”。隨後，該提案寫入2月25日的會議記錄。2月26日，上海《新聞報》率先將此事公諸於衆。3月2日，餘雲岫主編的《社會醫報》出版中央衛生委員會特刊，公佈“廢止中醫案”。
民國17年“廢止舊醫以掃除醫事衛生之障礙案”餘巖倡議，理由有四：
一、今舊醫所用者，陰陽五行六氣臟腑經脈，皆憑空結撰，全非合實，此宜廢止，一也。
二、“其臨牀獨持橈動脈，妄分一部分之血管爲寸、關、尺三部，以支配臟腑，穿鑿附會，自欺欺人。其源出於緯侯之學，與天文分野，同屬無稽，此宜廢止，二也。
三、”根本不明，診斷無法，舉凡調查死因，堪定病類，預防疾癘，無一能勝其任，強種優生之道，更無聞焉。是其對民族民生之根本大計，完全不能爲行政上之利用，此宜廢止，三也。
四、“人類文化之演進，以在絕地天通爲最大關鍵，考之歷史，彰彰可按。所謂絕地天通者，抗德而崇人事，黜虛玄而尚實際也。（北伐後）方破除迷信，廢毀偶像，以謀民衆思想之科學化，而舊醫乃日持巫祝緯之延以惑民衆；政府方以清潔消毒訓導社會，使人知微蟲細菌爲疾病之源，而舊醫乃日持其冬傷於寒，春必病溫，夏傷於暑， 秋心米比瘧等說以教病象，阻遏科學化，此宜廢止，四也。
故“舊醫一日不除，民衆思想一日不變，新醫事業一日不上，衛生行政事業一日不能進展。爲民族進化計，爲民生改善計，不可不採取斷然措施”
關於廢除中醫運動
廢除中醫是指試圖將中醫學的理論或實踐徹底廢除的努力。有時這些主張並不是要立法禁止中醫師行醫，而是試圖通過在學校體制、國家醫療體制等領域驅除中醫學的影響和作用來達到讓中醫逐漸流入民間甚至消亡，所以一些人又將這種訴求以較爲緩和的“取消中醫”、“限制中醫”、“中醫中藥退出國家醫療體制”等名稱來表述。其主要依據是他們認爲中醫學和現代醫學相比較糟粕太多，缺乏科學依據，不是科學或甚至是僞科學。
20世紀上半葉
1879年，清末樸學大師俞樾發表《廢醫論》，明確地提出了廢除中醫的主張[參考資料] 俞樾. "廢醫論". 《春在堂全書·俞樓雜纂》（卷45）（M），清光緒十一年刊本，第1－13頁。
1901年，日據臺灣開始進行中醫考試，其目的是爲了廢除中醫。
1913年的9月11日，汪大燮做了國民政府的教育總長，次年決定廢止中醫，不用中藥。
1920年代一些有海外遊歷經驗的人士，如餘雲岫、魯迅、孫中山、胡適、梁啓超、嚴復、丁文江、陳獨秀等倡導廢除中醫。其中魯迅在《吶喊》自序中的“中醫不過是一種有意的或無意的騙子”一句最爲著名。
1925年中醫界謀求將中醫納入學校體制，卻因受醫界抵制而流產。
1929年餘雲岫以委員身份出席中央衛生委員會會議，提出建議要求全面廢止中醫，並由第一屆中央衛生委員會會議通過了《廢止舊醫以掃除醫事衛生之障礙案》，因遭到全中國中醫界強烈反對而未能付諸實施。上海中醫藥界人士爲了慶祝此事，把每年3月17日定爲“中國國醫節”。
1933年在討論《中醫條例》（草案）時，行政院長汪精衛說“中醫言陰陽五行，不懂解剖，在科學上實無根據；至國藥全無分析，治病效能渺茫”，主張“凡屬中醫應一律不許開業，全國中藥店也應限令歇業。以現在提倡國醫，等於用刀劍去擋坦克車。”
1934年傅斯年（當時尚未任北京大學校長）在8月5日和8月26日、9月16日分別在《大公報》和《獨立評論》發表文章，建議取消“所謂國醫”。
20世紀下半葉
1950年5月，餘雲岫參加第一屆中華人民共和國全國衛生工作會議，再度提出廢止中醫方案，遭到與會者一致反對。
1950年代，中華人民共和國衛生部副部長王斌提出，中醫是封建醫，應隨封建社會的消滅而消滅。還開設了中醫進修學校，讓中醫學習西醫，學習解剖學。1953年這些做法受到毛澤東批評，副部長兼黨組書記賀誠與副部長王斌被撤職。1954年，毛澤東說“今後最重要的是首先要西醫學習中醫，而不是中醫學西醫。”
1961年臺灣的李敖發表過兩篇關於廢除中醫的文章。
在中國大陸文化大革命期間，中國共產黨政府對中醫學給予了政策上扶植，中醫得到很大的發展。在當時的情況下，幾乎沒有人試圖反對中醫。
1982年，第五屆全國人民代表大會制定的《憲法》第21條規定，“發展現代醫藥和我國傳統醫藥”
21世紀
從1998年開始，萬維網上的名人方是民就開始在網上批判中醫，在他管理的“新語絲”網站還專門爲此闢有專欄，收錄了數百篇文章。他的觀點是“廢醫驗藥”，即廢除基於陰陽五行、經脈氣血的中醫理論，將本來用於證實中醫的經絡、氣血等理論的研究經費，轉而用科學的方法檢驗中藥的有效性和毒副作用。
2006年4月《醫學與哲學》（人文社會醫學版）第27卷第4期刊登了中南大學科學技術與社會發展研究所所長張功耀教授《告別中醫中藥》的論文。文中提出從文化進步、尊重科學、維護生物多樣性、人道主義等角度看，應告別中醫中藥。
2006年自6月1日起，張功耀在其博客上發表系列文章建議廢除中醫，和住在美國紐約的王澄醫師發起了“徵集促使中醫中藥退出國家醫療體制簽名公告”，得到上萬人響應。張功耀博客公佈的簽名名單中多爲醫學工作者或是醫學博士。他們認爲中醫還可以存在，但不應該被國家支持，也不應再試圖將中醫與現代醫學結合。他們指出，中醫理論本身並非科學，和以科學爲準繩的現代醫學格格不入。
2007年3月5日，中國國務院總理溫家寶在十屆全國人大五次會議上作政府工作報告時，明確提出：“大力扶持中醫藥和民族醫藥發展，充分發揮祖國傳統醫藥在防病治病中的重要作用。”此後的2008至2011年，歷次政府工作報告中均有“大力發展和扶持中醫藥和民族醫藥事業”句。
其他國家
日本的源自中醫學的“漢醫”在日本本來佔據了醫學的主流，但自從明治維新之後現代醫學的引入，日本醫學界廣泛要求廢除漢醫。與此同時，日本對漢醫藥“廢醫存藥”，基於對中藥有效成分的提取、分離和鑑定開發了很多“漢藥”（漢方薬）。
結果和影響
每次廢除中醫的運動，都有人強烈反對。雙方爭論焦點通常包括是否有科學方法和哲學思想等等。支持廢除中醫人士一般關注論證療效方法的科學性及其理論的自恰性等技術層面，而反對廢除中醫的人士較多關注批判民族虛無主義、主張弘揚民族遺產等思想哲學層面。至今爲止在中國及海外這兩派的爭論還在繼續。