2012年12月8日上午，全國科學院聯盟成立大會在北京舉行。全國科學院聯盟由中國科學院與安徽省科學技術研究院、北京市科學技術研究院、重慶市科學技術研究院、甘肅省科學院、廣東省科學院、廣西科學院、貴州科學院、河北省科學院、河南省科學院、黑龍江省科學院、湖南省科學技術研究開發院、江西省科學院、山東省科學院、陝西省科學院、上海科學院、瀋陽科學技術總院、武漢市工程科學技術研究院等17家地方科學院組建。成立大會上，18家單位共同簽署了《全國科學院聯盟成立北京宣言》，將進一步加強全面戰略合作，集聚優質創新資源，共建協同創新體系，實現創新驅動發展。
全國科學院聯盟籌建工作歷時近2年。2011年2月至11月，中科院組織開展了各地方科學院現狀、合作形式、組織實施方案的調查研究，制定了《與省科學院合作調研報告和工作方案》。2012年7月，中科院黨組審議通過《進一步加強與省科學院合作、成立全國科學院聯盟工作方案》，對後續工作進行了部署。
在各方共同努力下，全國科學院聯盟建設已經取得一批階段性進展。人員交流方面，按照“幹部先行”的工作原則，中科院與各地方科學院互派專、兼職幹部31人，務實推進合作。2012年共培訓地方科學院科技骨幹90餘人，科技人員開展學術交流超過2000人次。領域分會方面，充分發揮研究所的主體作用，依託中科院長春光學精密機械與物理研究所、微生物研究所、軟件研究所、寧波材料技術與工程研究所、昆明植物研究所和地理科學與資源研究所，組建了光學與精密機械、應用微生物、軟件、材料化工、生物多樣性、地理資源等6個專業領域分會。合作項目方面，圍繞地方經濟社會發展需求，2012年新部署中科院合作項目47個，共同新承擔國家項目8個，聯合新申請地方科技項目19個，合作項目經費累計達2400餘萬元。資源共享方面，2012年，中科院研究所與地方科學院研究機構共建科技創新平臺33個，建立國家圖書館圖書情報站6個。
中共中央政治局委員、國務委員劉延東發來賀信。中國科學院院長、黨組書記白春禮，中國科學技術協會書記處書記、黨組成員張勤，中科院副院長李靜海，中科院黨組副書記方新，山東省委常委、常務副省長孫偉，安徽省副省長倪發科，河南省副省長徐濟超，廣西壯族自治區副主席陳章良，甘肅省副省長郝遠出席，中科院副院長施爾畏主持大會。
會上，方新宣讀了劉延東12月3日發來的賀信。
劉延東在賀信中對中國科學院與各地方科學院共同成立全國科學院聯盟致以熱烈祝賀，向參加成立大會的各位代表及廣大科技工作者致以誠摯問候。她指出，中國科學院和各地方科學院作爲我國科技隊伍的兩支重要方面軍，長期以來爲我國科技進步和經濟社會發展作出了重要貢獻。成立全國科學院聯盟，有利於促進各科學院優勢互補，推動協同創新，促進重大產出，實現共贏發展，提升科技創新和支撐發展的整體效益，對於加快推進國家知識創新體系和區域創新體系的深度融合，充實創新型國家建設基礎具有重要意義。
劉延東希望各科學院認真學習貫徹黨的十八大和全國科技創新大會精神，以成立聯盟爲契機，進一步深化科技體制改革和機制創新，瞄準國際國內科學前沿和國家及地方發展需求，加強戰略合作、資源共享和協同創新，努力形成更多重大創新成果，培養鍛鍊更多創新人才，爲加快實施創新驅動發展戰略，實現到2020年進入創新型國家行列、全面建成小康社會的宏偉目標作出新的更大貢獻。
貴州科學院院長何力代表各地方科學院致辭。他說，地方科學院與中國科學院的合作順應科技發展的潮流，是符合地方發展需求的必然選擇。建立全國科學院聯盟，爲促進地方科學院與中國科學院充分發揮各自的優勢和特色、開展協同創新搭建了重要平臺，是實施創新驅動發展戰略、依靠科技創新提高社會生產力和綜合國力的重要途徑。
徐濟超代表到會的各地政府致辭。他首先代表河南省政府，對全國科學院聯盟的成立表示熱烈祝賀，並從省院溝通、對接和協調的力度空前加大，簽署一批具體合作協議，開展一批合作科研計劃項目，啓動一批科技創新平臺，科技成果轉移轉化取得顯著成效等5個方面，對中國科學院與河南省的科技合作進行了總結歸納。他表示，成立全國科學院聯盟，將更有利於省科學院提升創新能力，更有利於省院開展多層次多途徑合作，更有利於省院開展協同創新。
白春禮在會上講話，併爲6個專業領域分會授牌。他代表中國科學院，向給予全國科學院聯盟籌建工作大力支持和幫助的國家各有關部門、各地方黨委政府、各地方科學院及各有關單位表示衷心感謝。
白春禮指出，成立全國科學院聯盟，是中國科學院與各地方科學院全面貫徹落實黨的十八大和全國科技創新大會精神的重要舉措，是開展聯合合作、實現共贏發展的重大創新，是科技服務區域經濟社會發展，“調結構、促轉型、穩增長”要求的重要行動，是實現兩路科技大軍協同創新、共建創新型國家的重要嘗試。
白春禮強調，全國科學院聯盟要不斷科學前瞻，勇攀科學高峯，加快建設創新型國家；要加強聯合合作，推進協同創新，促進科技與經濟結合；要圍繞產業需求，突破關鍵技術，服務經濟與社會發展。
中科院黨組成員、祕書長鄧麥村，副祕書長譚鐵牛、潘教峯、吳建國，河北省政府副祕書長李靖，遼寧省政府副祕書長馬祥圖，安徽省政府副祕書長餘焰爐，江西省政府副祕書長晏駒騰，山東省政府副祕書長張德寬，重慶市政府副祕書長塗經平，以及中科院有關部門、分院、研究所，地方政府有關部門、地方科學院負責人等200餘人出席大會。
由中國科學院和安徽、北京、重慶、甘肅、廣東等17個地方科學院共同組成的全國科學院聯盟12月8日在京成立。
中國科學院和各省科學院在推動我國科技創新和經濟社會發展中發揮了重要作用。中科院院長白春禮表示，成立全國科學院聯盟，是中國科學院與各地方科學院開展聯合合作、實現共贏發展的重大創新，是科技服務區域經濟社會發展的重要行動，是實現兩路科技大軍協同創新、共建創新型國家的重要嘗試。
據介紹，全國科學院聯盟的主要任務包括面向國家和區域經濟社會發展重大科技需求，跨區域、跨領域、多單位聯合組織承擔科技任務；通過聯合合作，共建區域創新平臺，促進國家創新體系建設；通過開放科技信息資源、科研裝備和條件，實現資源共享，促進共同發展；面向區域特色產業發展、資源開發和生態環境保護等科技需求，共建轉移轉化平臺，培育發展戰略性新興產業、改造提升傳統產業；開展人員交流，培養區域和產業發展所需的高水平創新創業人才；深入探索和實踐科技與經濟相結合的體制機制。
聯盟成立大會上通過了《北京宣言》，並嚮應用微生物、軟件、光學與精密機械、生物多樣性、材料化工、地理資源等6個專業領域分會授牌。