位置與佈局
1．消毒供應室(科)位置應接近病房，以利於下收下送，方便臨牀。有條件的醫院在新建時可考慮設置專用下送、回收物品的通道或傳送帶。
2．周圍環境清潔，無污染源，儘可能將室外地面磚化或綠化，形成一個相對獨立區域。
3．地勢適宜在地面4m以上，採光良好，空氣流通，避免有害氣體和各種粉塵飄落。
4．建築規模應與臨牀科室相適應，有條件的醫院建築面積可按每1病牀佔0.5-0.7m2計算。應有供冷、熱水及蒸餾水或純水的管道系統。等級醫院的供應室(科)工作區與生活區應嚴格分開。
5．室內建築符合衛生學要求，選擇易洗刷消毒、耐腐蝕、接縫少的材料，四壁光滑，無脫落顆粒。地漏應有防污及防鼠裝置。門窗應選用封閉性能好的材料。
6．房間佈局合理，嚴格劃分污染區、一般工作區、清潔區、無菌區。回收、清洗、包裝、滅菌、貯藏、發放採取強制性通過路線，不準逆行。有條件的醫院，可採用雙扉式清洗消毒機、全自動超聲清洗機和雙扉式壓力蒸氣滅菌器作爲污染區、清潔區、無菌區三區間的隔離屏。各區域分別由專人負責，做到四分開：工作間與生活間分開；回收污物與安放淨物分開；初洗與精洗分開；未滅菌與滅菌分開。
各區的性質及任務
污染區
固定專人、專車將用過的污染物品回收並進行分類，預處理和清洗。該區範圍不宜過大，一般設污物回收室、一次性物品處理室、洗滌室(內分初洗區和精洗區)。污染區房間的設計要求能形成負壓。
(1)回收的物品在固定專用的房間裏拆包、分類，並選用適宜、有效的方法浸泡消毒，然後送入洗滌室。
(2)一次性物品回收時必須登記註冊，輸液器、注射器經統一毀形或滅菌、無害化處理後，才能轉給當地衛生行政部門指定的回收站，並應雙方登記、簽名，以示負責。其他的一次性物品使用後應予以焚燬(注意環境保護，避免造成再次污染)。
(3)洗滌過程由初(粗)洗和精洗組成。對注射器、輸液器的洗滌必須採用四個步驟：去污、去熱原、去洗滌劑和精洗。
(4)初洗是用適當的洗滌劑，通過機械或手工操作，將粘附在物品上的污垢洗刷掉，再用常水將殘留的洗滌劑衝乾淨。去污不徹底會直接影響滅菌效果，去除殘血污跡是保證滅菌質量的必要措施。
(5)注射器、輸液器在初洗後必須進行除熱原處理，因熱原在滅菌過程中除不掉，須在洗滌中滅活。國家衛生部在(1993)第59號文件通知中，推廣使用“三效熱原滅活劑”消除熱原的方法，該法簡單安全，能有效去除熱原(具體操作可按生產廠家產品說明執行)。
(6)用滅活劑按程序處理後的器械或用具，用常水衝淨殘留的藥液後即可進入精洗。精洗可用新鮮流動、不含熱原的蒸餾水或純水，洗滌的4個步驟：去污、去熱原、去洗滌劑和精洗，不得任意更改和簡化。
(7)回收車必須專用，每次用後應清洗、消毒。不得進入其他區域或作其他用途。
一般工作區
該區主要有易對洗滌程序造成污染的敷料室、手套處理室、辦公室、庫房，以及生活區的更衣室、值班室、學習室、衛生間等。
清潔區
又稱準備滅菌區。該區的工作是將已去除污染的物品進行檢查、配備、妥善包裝並滅菌。凡進入清潔區的物品，必須是已經過合格去污過程的乾燥物品。清潔區內設置一次性無菌醫療物品存放庫房、器械室、組裝室、微機室、下送車存放室、消毒滅菌室。清潔區的溫度應保持在18-20℃，有足夠的照明亮度(>25W/m2)。該區空氣應呈正氣壓區。
(1)包裝材料：清潔區所用的包裝材料或容器，要求清潔、乾燥，有利於滅菌過程中排出空氣和蒸汽的穿透，並能防止滅菌後的再污染。通常使用雙層平紋細布做的包布、治療巾等，每次用後必須經清洗去污才能再用。如使用容器包裝，應選擇既可阻擋微生物，又便於蒸汽穿透，有篩孔、可關閉的容器。市場上出售的飯盒類容器，無論加蓋與否，均不能用作滅菌物品的包裝。
醫用材質的更新是消毒供應工作的新發展，包裝材料的選擇是防止微粒污染的重要環節。目前有用聚脂—聚丙烯層壓透明薄膜與特製紙張熱合處理而製成的包裝袋，所需滅菌器材可預先放入袋內，用熱合機封閉，然後進行滅菌。還有一種紙孔隙小、韌性強、滅菌時蒸汽可穿透，滅菌後細菌阻留率高的壓力蒸汽醫用包裝紙，各醫院可根據具體條件選用。
(2)包裝方法：準備滅菌的盤盆器皿之間應用毛巾或布隔開，以使蒸汽流通。各類器械包、敷料包不宜過大，一般不超過30cm×30cm×25cm，重量不超過5kg。包裝好的物品，外型應整齊、清潔、平整，四角對稱，外露一角在包的正中。包布鬆緊適度，化學指示膠帶封口，並註明滅菌有效期及操作者代號。精洗後的物品應儘快送入滅菌室滅菌(1-2h內)，不得長時間放置，以防止污染及熱原產生。
(3)組裝要求：組裝間環境應有較高的潔淨度，有條件的醫院最好裝空氣淨化器。室內相對溼度宜維持35％～50％，有良好的照明條件，以利於操作。操作檯的適宜部位應設置光源及放大鏡，以便於檢查注射針頭和手術縫針的質量。操作工作臺及地面要經常保持清潔，每日用有效消毒液擦拭1～2次。空氣過濾網定期清洗，嚴格限制入室人員。
無菌區
該區是一單獨的隔離區，室內空氣應保持正壓，溫度應保持在18～22℃，相對溼度≤50％，有足夠的照明設備(>25W/m2)。進入無菌區人員應衣着整潔、洗手、換鞋。
(1)經滅菌處理的物品包裝應完整，包布乾燥，含水量不超過3％(手感乾燥，如潮溼則不能作爲無菌物品使用)，化學指示劑變色均勻，符合要求標準。
(2)滅菌物品掉落地上或放置在不潔淨之處，即應視爲受到污染，不能作爲無菌物品使用。
(3)無菌物品存放間要求有較高的潔淨度，應安裝空氣淨化裝置。進出無菌區僅限於負責運送和發放無菌物品的人員，非無菌物品一律不得進入。
(4)外購的一次性無菌物品，必須先去掉外包裝，經熱原檢測、無菌試驗合格後，才能進入無菌物品存放間。
(5)已滅菌的無菌包，都應註明有效期，爲7～14d，夏季炎熱潮溼地區有效期可適當縮短。過期物品則應重新包裝和滅菌後纔可使用。無菌包一經拆開，雖未使用，亦應重新包裝滅菌。
(6)滅菌物品應擺放在距地面20cm，距天花板50cm，距牆壁超過5cm的無菌存放櫃或四平架上。按滅菌先後順序分類放置，先發近期，後發遠期。
(7)放置無菌物品的櫃架應定期擦拭消毒，地面每日用消毒後的溼拖布擦洗。室內空氣應按規定進行消毒，紫外線燈安裝與使用應參照物理消毒與滅菌方法。天花板、空調通風口、濾風網等必須經常清洗。
(8)無菌物品的發放，原則上應下送。下送車應使用全封閉式推車，與污染物品回收車嚴格分開。採用專人、專車、專門路線。下送人員不可接觸污染物品，下送車每日應進行有效的消毒，分發餘下的物品，不可再進入無菌物品存放間，需重新滅菌。
(9)科室人員直接到消毒供應室換取物品時，運送污染物品的托盤、容器以及工作人員的手一定要經過適當處理後才能領取無菌物品。有條件的醫院，可在無菌物品存放處設隔離式的發放窗，各科室有固定的窗口。發放窗爲雙門，並安裝有紫外線消毒燈。內門窗放入科室所需的無菌物品，外門窗取出無菌物品。兩窗不能同時開放，即一面窗打開，另一面窗則自動關閉。
(10)無菌物品存放室的室內相對溼度控制在≤50％，南方較潮溼的地區，可採用除溼機除溼。