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cDNA文庫構建策略及其分析研究進展
...序列的拷貝數,1個正常細胞含10000~30000種不同的mRNA,按丰度可分爲低丰度、中丰度和高丰度三種,其中低丰度mRNA是指某一種在細胞總計數羣中所佔比例少於0.5%時。滿足最低要求的cDNA文庫的庫容量可以用Clack-Carbor公式N=Ln(1-P)/...
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SMART技術
...的純化,會損失很多有用的信息,特別是少量樣品中的低丰度信息,很大程度上會影響結果的準確性。另外由於mRNA容易部分降解,很難確定得到的cDNA是否就是全長的cDNA,還是cDNA的片斷。 SMART技術的出現是一個新的里程碑。...
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全長cDNA文庫的構建——SMART技術
...的純化,會損失很多有用的信息,特別是少量樣品中的低丰度信息,很大程度上會影響結果的準確性。另外由於mRNA容易部分降解,很難確定得到的cDNA是否就是全長的cDNA,還是cDNA的片斷。 SMART技術的出現是一個新的里程碑。...
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基因組、基因表達和DNA陣列
...因組學有望能夠改變研究細胞和細胞相互作用的方式.高丰度的DNA陣列能以平行和定量的方式研究RNA和DNA的複雜的混合物,在實驗方面可以與基因組的序列信息相結合.DNA陣列能被用於許多不同的目的,其中最顯著的是能同時測量數...
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mRNA差異顯示方法研究進展
...空間裏,每一個細胞約有15000種mRNA表達,其中除少數屬高丰度表達外,大量的屬於低丰度表達,即要求使用的方法足以顯示低丰度mRNA;(2)重複性要好;(3)實驗過程中能夠步步驗證比較(side-by-sidecomparison);(4)得到的產...
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差異基因研究技術及其應用
...術相結合的更簡單快速的分離差異基因的方法。其原理是丰度高的單鏈DNA在退火時產生同源雜交的速度快於丰度低的單鏈DNA,從而使原來在丰度上有差別的單鏈DNA相對含量達到基本一致;而抑制PCR則是利用鏈內退火優於鏈間退火...
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多維色譜串聯質譜分析肝癌患者血漿中的低丰度差異蛋白
【摘要】建立了分析肝癌患者血漿中低丰度差異蛋白的新的多維色譜串聯質譜方法。以5例肝細胞癌(HCC)患者血漿爲研究對象,選用免疫親和色譜AgilentMARSSpinCartridge去除血漿中6種主要高丰度蛋白;離線RP²HPLC預分級血漿低...
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轉錄組學和蛋白組學整合研究
...(蛋白降解和輸出)的精細調控機制後,轉錄物和蛋白質丰度測量結果可能會不一致。因此,定量的轉錄物和蛋白質丰度測量可作爲相互的標準,爲高通量分析得出的基因表達數據做出合理的解釋。正如蛋白質和RNA之間類似點可...
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Nature:哺乳動物基因表達的控制被量化
...呢?”在這篇文章中研究人員通過同時測量蛋白質和mRNA丰度及週轉量的方式量化了哺乳動物細胞中的基因表達。他們利用定量質譜測定法和最新的測序技術,對超過5000個基因的蛋白質和mRNAs進行了“並行代謝脈衝標記”。隨後...
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分子表型:Science、Nature等頂級期刊引領的熱點研究
...度?有意義的表型微觀化可以達到基因的表達水平(mRNA丰度),而且也是目前可以理解的表型的極致了(當然,以後不能排除晶體數據可作爲更細的表型數據)。其實,表型的微觀化發展的思維並不難,但一步到位,將表型拓...
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蛋白質組學:用於異倍體的產前篩查和診斷
...流體蛋白質組的深入分析幾乎總涉及初步分餾法來檢測低丰度蛋白質,因爲不存在蛋白質的擴增方法(類似於核酸的聚合酶鏈反應)。初步分餾可以通過多種不同的技術完成,但是最常用的兩種是凝膠電泳(GE)和液相色譜法(L...
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健康所孔祥銀課題組研究成果發表
...無義介導的mRNA降解,可以上調含有提前終止密碼子mRNA的丰度。他們與英國巴斯大學Hurst教授合作,通過對人和小鼠轉錄組的系統研究,發現細胞內豐富提前終止密碼子主要是由於RNA剪切噪音產生,支持Splicingnoise模型。但是,古...
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孔祥銀課題組揭祕豐富提前終止密碼子形成機制
...無義介導的mRNA降解,可以上調含有提前終止密碼子mRNA的丰度。孔祥銀課題組與英國巴斯大學Hurst教授合作,通過對人和小鼠轉錄組的系統研究,發現細胞內豐富提前終止密碼子主要是由於RNA剪切噪音產生,支持Splicingnoise模型。...
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抗體芯片——新一代的蛋白分析手段
...以在一次實驗中比較生物樣品中成百上千的蛋白質的相對丰度,將極大促進蛋白質組目前的研究狀況——因爲以現有的技術中對蛋白質進行這種複雜的分析是非常困難的。 Clontech公司第一代的抗體芯片AbMicroarray380(Cat.No.K1847-...
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抗體芯片——新一代的蛋白分析手段
...以在一次實驗中比較生物樣品中成百上千的蛋白質的相對丰度,將極大促進蛋白質組目前的研究狀況——因爲以現有的技術中對蛋白質進行這種複雜的分析是非常困難的。 Clontech公司第一代的抗體芯片AbMicroarray380(Cat.No.K1847-...
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Cell重大發現:基因表達其實沒那麼隨便
...明顯比細胞質大。“我們可以很好的預測細胞質的轉錄本丰度,相比之下細胞核的隨機性要大得多,”文章的第一作者NicoBattich說。“我們可以把細胞核想象成盛放新生mRNA的漏桶,需要表達的mRNA慢慢滲漏到細胞質中。正因如此...
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mRNA差別顯示技術(DDRT-PCR)
...1)速度快,較易操作; 2)由於PCR擴增技術的應用,使得低丰度mRNA的鑑定成爲可能,且靈敏度高; 3)可同時比較兩種以上不同來源的mRNA樣品間基因表達的差異。 儘管差別顯示技術有以上諸多方面的優點,但在實際操作中仍存在...
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鄧興旺《ThePlantCell》表觀遺傳修飾新成果
...:三種組蛋白H3K4me3,H3K9ac,H3K36me3在編碼蛋白的功能基因上丰度很高,而在轉座子相關基因上很少,並且對基因表達起到正調控的作用;H3K27me3和DNAmethylation對基因表達具有負調控的作用,並且是相互排斥的。小RNA中microRNA和siRNA的...
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我國科學家開闢RNA表觀遺傳學研究新方向
...在於各種細胞系及小鼠的組織中,並且在哺乳動物mRNA中丰度相當高。科研人員繼而通過化學生物學、高通量測序等手段,發展了一種利用小分子化合物實現特異性標記與富集的假尿嘧啶高通量測序技術。 利用該技術,他們...
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NatRevMicro:設置轉譯速度
...生在被罕見tRNA解碼的密碼子上。然而,有意見認爲tRNA的丰度並非是在活體內限制轉譯速度的唯一因素。Weissman和同事如今發現,mRNA編碼區域內的序列——類似於Shine–Dalgarno(SD)序列——是細菌中轉譯暫停的主要原因。作者利...
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繪製修飾譜圖開闢RNA表觀遺傳學研究新方向
...在於各種細胞系及小鼠的組織中,並且在哺乳動物mRNA中丰度相當高。科研人員繼而通過化學生物學、高通量測序等手段,發展了一種利用小分子化合物實現特異性標記與富集的假尿嘧啶高通量測序技術。利用該技術,他們實現...
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生物學最熱門作者最新《Nature》文章
...方式。轉錄組測序可以得到特定條件下所有mRNA轉錄本的丰度信息,從而發現新的轉錄本和可變剪接體。以往的轉錄組測序原理是當基因轉錄成RNA時,聚合酶延伸到超過蛋白編碼的部分,來形成“3‘未翻譯區域”(UTR),該區域含...
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基因表達差異分析方法進展
...某個標籤出現頻率的高低來判斷並計算其所屬基因表達的丰度。對於在數據庫中找不到對應序列的標籤,還可以利用13bp的寡核苷酸探針(9bp加上錨定酶識別位點的4bp)對cDNA文庫進行篩選,以尋找新基因。sAGE可以檢測不同細胞間...
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北京大學在覈酸化學生物學研究領域取得新進展
...於各種細胞系及小鼠的組織當中,並且在哺乳動物mRNA中丰度相當高。該研究繼而通過化學生物學、高通量測序等手段,發展了“CeU-Seq”——一種利用小分子化合物實現特異性標記與富集的假尿嘧啶高通量測序技術。利用這一技...
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伊成器研究組在NatureChemicalBiology上報道全轉錄組假尿嘧啶RNA修飾譜圖
...於各種細胞系及小鼠的組織當中,並且在哺乳動物mRNA中丰度相當高。該研究繼而通過化學生物學、高通量測序等手段,發展了“CeU-Seq”——一種利用小分子化合物實現特異性標記與富集的假尿嘧啶高通量測序技術。利用這一技...
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生命科學學院伊成器研究組在NatureChemicalBiology上報道全轉錄組假尿嘧啶RNA修飾譜圖
...於各種細胞系及小鼠的組織當中,並且在哺乳動物mRNA中丰度相當高。該研究繼而通過化學生物學、高通量測序等手段,發展了“CeU-Seq”——一種利用小分子化合物實現特異性標記與富集的假尿嘧啶高通量測序技術。利用這一技...
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第五節 PCR各處應用模式
...結構。 一步法擴增(onestepamplification)是爲了檢測低丰度mRNA的表達,利用同一種緩衝液,在同一體系中加入逆轉錄酶、引物、Taq酶、4種dNTP直接進行mRNA反轉錄與PCR擴增。發現Taq酶不僅具有DNA多聚酶的作用,而且具有反轉錄酶...
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基因抑制有害蛋白產生的“質量控制”策略NMD靶基因mRNA
...況下通過減緩抑制的方式來調節這些基因在細胞中的蛋白丰度。由於無義突變是人類疾病中一種常見的突變類型,而這些突變的mRNA通常也都與NMD降解有關,本研究也爲相關疾病的研究提出了新的思路。該成果近日在線發表在Molec...
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小RNA研究獲重要進展
...一策略使得研究人員能夠直接將mRNA上的核糖體密度與mRNA丰度進行比較,進而比較miRNA在一個特定時間點上對轉錄水平和轉錄效率的影響。研究人員分析了向子宮頸癌細胞——miRNA在子宮頸癌細胞中缺乏正常的表達——中引入miR-1...
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微生物分子生物學技術及其在環境污染研究中的應用
...境中的生物的檢測,定性、定量分析它們的存在、分佈、丰度和適應性等研究目標。 基因探針方法學利用了DNA能變性和重退火的特性。要做一個基因探針,所研究的這個基因的DNA順序必須清楚。這個基因對一特定的微生物種...