2012年9月26日，北京衛生職業學院成立，“北京衛生職業學院成立大會暨2012級新生開學典禮”在北京會議中心隆重召開。中國關心下一代委員會主任、原第十屆全國人大副委員長顧秀蓮、教育部職成司副司長王揚南、北京市發改委副主任劉印春、市教委委員鄭登文、市衛生局黨委副書記、巡視員張秀芳、市衛生局副局長王松靈、市醫管局副局長潘蘇彥等領導和有關方面的負責人出席了會議，併爲北京衛生職業學院揭牌。
根據《北京市人民政府關於大力發展職業教育的決定》和《關於加強衛生職業教育的指導意見》文件精神，2006年，北京市衛生局提出，從合理配置首都衛生職業教育資源，緩解市衛生系統人才結構矛盾的目標出發，整合北京衛生學校、北京護士學校和北京市中醫學校的辦學資源，對衛生人才的培養、補充起着承上啓下的重要作用。2006年，北京市第十二屆人大第四次會議，三十餘名人大代表聯名提出議案，希望建立一所與首都地位相稱、具有國內一流水平的高等衛生職業學院，培養當前急需的高職高專層次的醫學相關專業人才。此議案成爲市人大教科文體委員會督辦項目，多次組織人大代表到本市衛生職業學校視察和專題調研，聽取彙報，瞭解工作進展情況。在組建過程中，北京市教委、市衛生局、市發改委、市財政局等相關政府部門多次就建立北京衛生職業學院問題進行專題研究，各委辦局一致認爲在北京建立一所衛生職業學院非常必要，並表示一定在市政府的統一領導下，全力支持學校建設和發展。2011年，市衛生局、市教委的領導多次向教育部、市政府呼籲，整合教育資源，改善醫療衛生工作的供需矛盾迫在眉睫。經過多方努力，2012年經北京市人民政府批准設立、國家教育部批准備案，成立北京衛生職業學院，由原北京衛生學校、北京護士學校和北京市中醫學校合併組建，以培養大學專科層次高等衛生職業技術人才爲主。
北京衛生職業學院是一個多院區辦學的學院。第一院區——原北京衛生學校是國家級重點普通中專學校，具有八十餘年的辦學歷史。承擔藥學、醫學檢驗技術、醫學影像技術和醫療儀器維修技術專業；第二院區——原北京護士學校是省部級重點中等職業學校，是以護理專業爲主的全日制中等專業學校。學校先後與首都醫科大學、北京城市學院聯合開辦了護理高職班，積累了較豐富的專科層次教育教學及管理經驗，承擔護理專業。第三院區——原北京市中醫學校是全國中等中醫藥教育重點學校，是北京市唯一一所中醫藥類中專學校。承擔中藥、康復治療技術專業。三個院區都積累了豐富的教育教學和管理經驗，與北京市醫藥衛生行業建立了緊密的戰略合作關係，與在京國內知名的三甲醫院、各級醫療衛生機構、醫藥企業、研究機構開展校企合作，爲學生的臨牀教學及實習提供了有利條件，從根本上保證了教育教學質量。各院區都爲同學們提供了良好的生活、學習、實訓條件。
北京衛生職業學院的成立，整合了學校的教育資源，形成了結構較合理、資源利用較充分、辦學規模較穩定、社會效益較好的衛生職業教育體系。北京衛生職業學院的發展目標是——面向醫藥衛生技術崗位、面向農村、面向基層和社區培養高等技術應用型人才，同時爲各級醫療機構輸送合格人才。北京衛生職業學院的成立，將繼續深化改革，加強建設，形成專業設置和各類教育結構合理、相互銜接、開放靈活的辦學模式。全面完成“十二五”時期學院建設任務，把學院辦成具有首都特色的、適應北京市建設世界城市發展要求的、具有全國一流水平的衛生職業學院。