2011年11月16日上午，清華大學長庚醫學發展研究院成立儀式在工字廳舉行。基隆長庚醫院院長程文俊，廈門長庚醫院院長林孟志，清華大學副校長邱勇，清華大學醫學院副院長、玉泉醫院院長左煥琮共同爲研究院揭牌。
清華大學長庚醫學發展研究院由清華大學和（臺灣）長庚醫療財團法人、廈門長庚醫院合作成立，三方將進行臨牀醫學、基礎醫學、技術開發、醫學管理等方面的交流與合作，培養高素質、高水平的醫學人才，開展高層次的生命科學和醫學科學研究。
成立儀式上，清華大學副祕書長王進展宣讀了學校關於成立“清華大學長庚醫學發展研究院”的決定，邱勇、程文俊、林孟志分別代表三方簽署了合作協議。
邱勇代表清華大學對研究院的成立表示祝賀，並感謝長庚醫療體系對清華大學發展醫學學科給予的支持。他指出，清華大學長庚醫學發展研究院的成立，標誌着雙方的合作進入了新的階段，不僅能夠保證臨牀醫學的高水平、可持續發展，同時爲清華大學基礎醫學和生命科學學科的發展提供了很好的支撐。清華在新百年的發展中高度重視醫學的發展，希望雙方的合作不斷往前推進，取得更大的成績。
據悉，目前正在建設中的北京清華醫院得到了臺灣長庚紀念醫院的大力支持，在此基礎上成立清華大學長庚醫學發展研究院，進一步密切了雙方的合作關係。清華大學長庚醫學發展研究院依託清華大學醫學院，實行理事會領導下的院長負責制，聘請程文俊教授爲首任院長。研究院作爲培養醫學人才的教學和研究機構，尤其注重培養心臟內科、腫瘤治療、整形外科、器官移植、臨牀護理、醫學管理等領域的人才。
成立儀式上，邱勇還向聘請的程文俊、林孟志等10名臺籍客座教授、兼職教授（副教授）頒發了聘書。