2010年12月1日，北京中醫藥大學研究生院成立。國務院學位辦主任、教育部學位管理與研究生教育司司長、中國工程院院士張堯學，國家中醫藥管理局副局長李大寧，北京市教委副主任付志峯及21家相關合作單位領導等出席了成立慶典儀式。
研究生院的成立，標誌着北京中醫藥大學高層次人才培養在30年多的研究生教育成果和經驗積澱的基礎上邁上了更高的層次，實現了新的歷史性的跨越。
北京中醫藥大學是全國中醫藥高校中國家重點學科與國家中醫藥管理局重點學科數量最多、涵蓋專業最廣的學校，具有中醫學、中藥學、中西醫結合3個一級學科的博士學位和碩士學位授予權，形成了學士、碩士、博士不同層次的學位授予體系。目前，已畢業研究生5998人，中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士後科研流動站共接收了91名博士進站工作，已有69人完成工作出站，多數人才已發展成爲中醫藥行業的領軍人物或學術骨幹，爲中醫藥事業的發展做出了重要貢獻。隨着學位與研究生教育事業的穩步推進，學校注重加強師資隊伍的建設，研究生導師的數量和質量均位於全國中醫藥院校之首。多名研究生分別獲得“全國百篇優秀博士學位論文獎”、“全國百篇優秀博士學位論文提名獎”、“北京市優秀博士學位論文獎”。學校先後獲得了教育部授予的“全國學位與研究生教育管理工作先進集體”、人事部授予的“全國優秀博士後科研流動站”、北京市授予的“北京地區研究生培養工作優秀單位”等多項榮譽稱號。這些成績的取得，是廣大教職員工和全體研究生同學共同努力的結果，更有賴於各級政府和各位領導的關懷和支持，有賴於社會各界的支持和幫助。