北京大學醫學部的前身是國立北京醫學專門學校，創建於1912年10月26日，是中國政府教依靠自己的力量開辦的第一所專門傳授西方醫學的國立醫學校。
1903年，清朝政府在京師大學堂設立醫學實業館，1904年，醫學實業館改稱醫學館，遷入北京和平門外八角琉璃井由興勝寺廟宇改建的館舍，1907年停辦。1910年，此館舍被施醫總局（當時的衛生部門）買去，爲日後創立國立北京醫學專門學校提供了條件。
1911年，辛亥革命推翻了清王朝，建立了中華民國，在當時的中國知識分子向西方學習的風潮下，西醫在中國的地位，有了明顯的變化。一批從海外留學回來的醫學教育家立志通過發展醫學事業，增強人民的體質，以洗刷長期壓在中國人頭上的“東亞病夫”的恥辱。
1912年9月，中華民國教育部電召從日本留學歸來正在籌建浙江省立醫學專門學校的杭州人湯爾和到京，籌劃創立醫學校事宜。教育部以價銀10，000兩購買了已經停辦的醫學館館舍，劃撥給國立北京醫學專門學校使用，10月16日，中華民國教育部任命組織學教授湯爾和先生爲北京醫學專門學校校長，並於10月26日頒發校章。至此，中國第一所國立西醫學校正式誕生。當時教職工9人，首批學生72人。湯爾和在開學典禮上以“促進社會文化，促進文明，減少人們痛苦，用學術來和列強競爭”，定位學校之辦學目的。湯爾和在建校後當年，根據醫學教育的需要，結合中國國情制定了中國的《解剖條例》，多次呈文教育部請求公佈，於1913年11月獲准公佈，這是中國第一個解剖法令，是北京醫學專門學校對中國醫學教育的一大貢獻，使中國的醫學發展真正建立在科學的基礎上。
1915年2月，學校診察所正式開業。
1923年9月，國立北京醫學專門學校奉命改建爲國立北京醫科大學校，並首次將醫學生學制設爲六年制。
1927年北京醫科大學校與北京所有國立高等學校被改組，合併成立國立京師大學校，成爲京師大學校的一個科，更名爲國立京師大學校醫科。同年，學校附設的診察所擴充爲學校附屬醫院。
1928年11月，京師大學校改組爲國立北平大學，醫科改爲醫學院，成爲北平大學醫學院。1929年，根據北平大學的《組織規程》，規定醫學院以研究高深學術，培養醫學專門人才爲宗旨。
1931年，建立我國醫學校中第一個法醫教研室。
1937年抗日戰爭爆發後，國立北平大學西遷，部分醫學院師生一同西遷。留在北京的醫學院院務完全停頓，1938年1月，當時的教育部將原北京大學和北平大學合併辦起“國立北京大學”，醫學院爲下設的六個學院之一。5月復課，並接收燕京大學和協和醫學院師生繼續學院的教學。
1945年12月北京各公立大學被統一編爲“北平臨時大學補習班”，北平大學醫學院被編爲“臨時大學補習班第六分班”。 1946年7月，北京大學在北平復校。北平臨時大學補習班第六分班連同附屬醫院一同併入北京大學，成爲北京大學醫學院。院長先後爲解剖學教授馬文昭先生、生理學教授沈鈞淇先生和皮膚科學教授胡傳揆先生。胡傳揆教授同時任醫學院附屬醫院（亦稱北大醫院）院長。從此，學校作爲北京大學的一部分，開始了新的歷程。
1952年，全國高等學校院系調整，北京大學醫學院脫離北京大學，獨立建院並更名爲北京醫學院，院長爲胡傳揆教授。直屬中央衛生部領導，辦學經費由中央財政部轉中央衛生部撥付。北醫校址遷至今日的北京市海淀區學院路38號，由此，醫學院開始了較大的發展。
1959年北醫被國家確定爲全國十六所重點院校之一。
1984經國務院批准，在全國重點建設10所大學，北京醫學院是唯一所醫科學校，院長爲醫學教育專家馬旭研究員。
1985年學校更名爲北京醫科大學，運動醫學專家曲綿域教授任校長。
進入20世紀90年代中期，中國政府確立了教育發展改革綱要，明確提出“211工程”，即重點建設若干所大學，使之接近或達到或超過世界一流水平。1996年8月28日，北京醫科大學正式通過了國家首批“211工程”建設項目的論證，再次成爲中國政府重點支持的醫科大學。從1991年至2000年4月，校長爲血液病學專家王德炳教授。
2000年4月3日，北京醫科大學與北京大學正式合併，組建新的北京大學。2000年5月4日，北京醫科大學正式更名爲北京大學醫學部，中國科學院院士、病理生理專家韓啓德教授出任北京大學常務副校長併兼任醫學部的主任。2003年，腫瘤分子生物學專家柯楊教授任北京大學醫學部常務副主任至今。
經過95年的建設與發展，北醫形成了“勤奮、嚴謹、求實、創新”的學風和“堅定正確的政治方向，嚴謹求實的治學態度，熱忱獻身的服務精神”的校風。
今日的北醫--這所由中國政府創立的第一所醫學院校，在國家的大力支持下，正大鵬展翅，實現着她自己的最高目標：盡其所能，爲了人類健康事業的發展，創造世界一流的醫學教育事業。