益生菌，源於希臘語“對生命有益的細菌”，益生菌通常是定植於人體腸道、生殖系統內，能產生確切健康功效的活性有益微生物的總稱，它是人類生命的健康根源。
益生菌是指改善宿主微生態平衡而發揮有益作用的細菌，達到提高宿主健康水平和健康狀態的活菌製劑及其代謝產物，益生菌存在於地球上的各個角落裏面，人體、動物體內有益的細菌或真菌主要有：酪酸梭菌、乳酸菌、雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌、放線菌、酵母菌等。
目前世界上研究的功能最強大的產品主要是以上各類微生物組成的複合活性益生菌，其廣泛應用於生物工程、工農業、食品安全以及生命健康領域。
可用於食品的菌種名單：
一、雙歧桿菌屬（Bifidobacterium）
1青春雙歧桿菌（Bifidobacterium adolescentis）
2動物雙歧桿菌（乳雙歧桿菌）Bifidobacterium animalis（Bifidobacterium lactis）
3兩歧雙歧桿菌（Bifidobacterium bifidum）
4短雙歧桿菌（Bifidobacterium breve）
5嬰兒雙歧桿菌（Bifidobacterium infantis）
6長雙歧桿菌（Bifidobacterium longum）
二、乳桿菌屬（Lactobacillus）
1嗜酸乳桿菌（Lactobacillus acidophilus）
2乾酪乳桿菌（Lactobacillus casei）
3捲曲乳桿菌（Lactobacillus crispatus）
4德氏乳桿菌保加利亞亞種（保加利亞乳桿菌）
Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus
（Lactobacillus bulgaricus）
5德氏乳桿菌乳亞種（Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis）
6發酵乳桿菌（Lactobacillus fermentium）
7格氏乳桿菌（Lactobacillus gasseri）
8瑞士乳桿菌（Lactobacillus helveticus）
9約氏乳桿菌（Lactobacillus johnsonii）
10副乾酪乳桿菌（Lactobacillus paracasei）
11植物乳桿菌（Lactobacillus plantarum）
12羅伊氏乳桿菌（Lactobacillus reuteri）
13鼠李糖乳桿菌（Lactobacillus rhamnosus）
14唾液乳桿菌（Lactobacillus salivarius）
三、鏈球菌屬（Streptococcus）
1嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus）
注：
1.傳統上用於食品生產加工的菌種允許繼續使用。名單以外的、新菌種按照《新資源食品管理辦法》執行。
2.可用於嬰幼兒食品的菌種按現行規定執行，名單另行制定。
【發佈單位】 衛生部辦公廳
【發佈文號】 衛辦監督發〔2010〕65號
【發佈日期】 2010-04-22