十三科是我國古代官方衛生機構的醫學分科的合稱[參考資料] 高忻洙，胡玲主編.中國鍼灸學詞典[M].南京：江蘇科學技術出版社，2010：11. 。
元代及明代的大部分時期太醫院都將醫學分爲十三科。
元代十三科爲：大方脈、雜醫、小方脈、風、產、眼、口齒、咽喉、正骨、金瘡腫、鍼灸、祝由、禁。並規定：諸醫人於十三科內，不能精通一科者不得行醫。”
明代醫學十三科爲：大方脈、小方脈、婦人、瘡瘍、鍼灸、眼科、口齒、咽喉、接骨、傷寒、金鏃、按摩、祝由。隆慶五年（公元1571年）十三科又改作十一科。
最早將醫學分爲十三科可追溯至北宋熙寧九年（公元1076年）。此時的十三科爲：大方脈、風科、小方脈、針、灸、口齒、咽喉、眼、耳、瘡腫、傷折、金瘡、書禁。元豐改制後又在嘉祐九科之基礎上進行調整仍爲九科。因此北宋時醫學劃分爲十三科爲時甚暫。