2011年6月24日，上海交通大學微生物代謝國家重點實驗室揭牌。揭牌儀式在生命藥學樓樹華多功能廳隆重舉行。上海交通大學黨委書記馬德秀、常務副校長林忠欽、副校長張文軍、校長助理彭穎紅等校領導和學校相關職能部處領導，以及生命學院領導與重點實驗室全體PI出席了儀式。儀式由校長助理彭穎紅主持。
微生物代謝國家重點實驗室的立項建設體現了上海交通大學生命學院在微生物代謝領域的研究已經達到國內領先水平，在國際上具有重要影響。校黨委書記馬德秀說，在今後的發展過程中，重點實驗室必將在科學研究、學科建設、人才培養、國際交流等各個方面發揮重要作用。她希望，重點實驗室能在鄧子新院士的帶領下，通過全體研究人員的努力，完善微生物代謝研究科學體系，不斷取得國際領先的原創性科研成果，積極參與國際競爭，進一步擴大國際影響力。同時，她也勉勵大家要有憂患意識，要準備迎接更大的挑戰，在實驗室體制機制、隊伍建設和管理方面認真研究，加快建立國際一流的微生物學科，並努力促進我校生命學科的整合和發展，推進生物化學與分子生物學、遺傳學、生物工程、生物信息學等學科的發展與交叉，最終建立和上海交大地位相稱的生命學科。
微生物代謝國家重點實驗室的立項建設，是上海交通大學本部20年來在重點實驗室建設方面的重大突破。
生命學院院長、微生物代謝國家重點實驗室主任鄧子新院士就重點實驗室的研究方向與目標、建設思路與規劃、現存不足與所需支持三個方面進行了介紹。鄧子新表示，將以微生物代謝國家重點實驗室的立項建設作爲新起點，不斷加強實驗室的文化建設、隊伍建設、平臺建設、制度建設、科研管理和開放運行機制建設，努力建立我國微生物代謝研究的科學和技術體系，引領國際微生物學的理論創新和產業發展。