2012年7月1日，北京友誼醫院正式試點醫藥分開，同日，深圳市對所有醫保定點機構向參保人銷售醫保目錄藥品取消以藥補醫，啓動綜合改革。中國的醫療衛生改革進入關鍵點。
2012年6月7日，國務院辦公廳印發了《關於縣級公立醫院綜合改革試點的意見》，而到目前爲止，基層醫療衛生機構已全面實施基本藥物制度，破除了以藥補醫機制。在公立醫院破除以藥補醫，也已在各個層面付諸實踐。公立醫院取消以藥補醫機制的改革原則和政策措施就是通過價格、醫保、財政聯動，調整醫療服務價格，改革醫保支付方式，落實政府財政投入政策。
在傳統的按項目付費下，醫療機構提供的服務越多，收入就越高，這也在一定程度上催生了過度醫療等一系列問題。在破除以藥補醫的改革中，衛生部特別強調改革醫保支付方式，通過在總額控制下實行按人頭、按病種、按疾病分組等支付方式，變藥品和檢查收入爲成本，促進醫院控制成本、合理診療，最終實現合理控制費用，破除以藥補醫的目的。