7 屬下物種
百山祖短腸蕨、篦齒短腸蕨、邊生短腸蕨、柄鱗短腸蕨、薄蓋短腸蕨、草綠短腸蕨、察隅短腸蕨、長果短腸蕨、長羽短腸蕨、沖繩短腸蕨、粗糙短腸蕨、大型短腸蕨、大葉短腸蕨、大羽短腸蕨、淡綠短腸蕨、淡綠短腸蕨(原變種)、東北短腸蕨、獨龍江短腸蕨、獨山短腸蕨、短果短腸蕨、耳羽短腸蕨、耳羽短腸蕨(原變種)、甘肅短腸蕨、高大短腸蕨、格林短腸蕨、光腳短腸蕨、海南短腸蕨、褐柄短腸蕨、褐色短腸蕨、黑鱗短腸蕨、黑鱗短腸蕨(原變種)、黑鱗鱗軸短腸蕨、黃志短腸蕨、假耳羽短腸蕨、假江南短腸蕨、假鐮羽短腸蕨、假密果短腸蕨、江南短腸蕨、江南短腸蕨(原變種)、金佛山短腸蕨、金平短腸蕨、矩圓短腸蕨、闊片短腸蕨、闊羽短腸蕨、鐮羽短腸蕨、鱗柄短腸蕨、鱗軸短腸蕨、鱗軸短腸蕨(原變型)、龍池短腸蕨、卵果短腸蕨、卵葉短腸蕨、毛柄短腸蕨、毛鱗短腸蕨、美麗短腸蕨、密果短腸蕨、墨脫短腸蕨、南川短腸蕨、擬長果短腸蕨、淺裂短腸蕨、淺裂短腸蕨(原變種)、日本短腸蕨、肉刺短腸蕨、肉質短腸蕨、深裂短腸蕨、深綠短腸蕨、石林短腸蕨、疏裂短腸蕨、雙生短腸蕨、四棱短腸蕨、臺灣短腸蕨、網脈短腸蕨、烏鱗短腸蕨、無毛黑鱗短腸蕨、西藏短腸蕨、錫金短腸蕨、狹翅短腸蕨、小葉短腸蕨、楔羽短腸蕨、奄美短腸蕨、異果短腸蕨、異基短腸蕨、異裂短腸蕨、羽裂短腸蕨、圓裂短腸蕨、中華短腸蕨、棕鱗短腸蕨