2 註解
各種內鏡用途各異，消毒也不盡相同，上消化道內鏡可採用普通消毒法，腹腔鏡、膽道鏡及逆行胰膽管造影用的十二指腸鏡則要求嚴格的消毒。超聲內鏡亦可用普通消毒法消毒，但膽管、胰管超聲內鏡及母子鏡需用嚴格消毒法消毒。
3 普通消毒法
3.1 人工清潔消毒法
(1)檢查完畢，將內鏡置於清水桶或水槽用柔軟海綿擦洗1-2min，以清除鏡身粘液分泌物，並反覆注氣及吸引沖洗掉活檢孔管道及注氣管內的分泌物。作活組織檢查者，用特殊的毛刷刷洗活檢孔道，後再用蒸餾水沖洗活檢管道，有條件者可再用蛋白分解酶(如適酶等)，去除蛋白粘液。
(2)將清洗後的內鏡置於消毒桶或槽內，浸於0.1％洗必泰溶液或2％戊二醛溶液中3-5min，或用浸有上述消毒液的柔軟海綿反覆擦拭鏡身及作多次吸引，作活組織檢查者，須用清潔毛刷刷洗數次活檢管道。另對肝功能異常及肝炎表面抗原標誌物陽性者應採用專一的內鏡，並在術後徹底消毒。
(3)消毒完畢，將內鏡置於另一清水桶或水槽內，按上述(1)的操作步驟清洗除去消毒液。
(4)洗畢，用消毒紗布擦乾鏡身，再用75％乙醇擦拭鏡身及衝活檢孔。活檢鉗抬舉器可用棉籤蘸乙醇擦洗，爾後用內鏡乾燥儀將內鏡注氣、注水管道吹乾，最後將內鏡放入專用櫃內貯存備用。
(5)活檢閥門應拆開清洗，於消毒液或75％乙醇內浸泡15min，水洗擦乾，安裝後再使用。活檢鉗先清洗(鉗瓣處用刷子擦拭)，不易清洗的污垢可用超聲波清洗儀清洗，每次15min；爾後再於消毒液內浸泡3min。口圈清洗後用75％乙醇浸泡30min消毒。
3.2 清洗器消毒法
步驟與人工法相似，目前使用的自動洗滌器有旋轉噴灑法、浸泡法等。使用前應熟悉洗滌器的原理與構造，正確安裝，除全密閉型內鏡外，應注意保護操縱部勿沾水，並防止損傷內鏡。消毒液種類，應按機器設計要求。各單位自制的簡易清洗消毒器要應以不損壞內鏡及保證有效清洗消毒爲原則。