3 註解
蛋白質組數據庫(proteome database)被認爲是蛋白質組知識的儲存庫，包含所有鑑定的蛋白質信息，如蛋白質的順序、核苷酸順序、2-D PAGE、3-D結構、翻譯後的修飾、基因組及代謝數據庫等. 例如，SWISS-2DPAGE數據庫包括人類，細菌，細胞等物種的信息.其中，E.coliSWISS-2DPAGE數據庫是EXPASY分子生物學服務器的一部分，通過www的URL網址http://www.expasy.ch/ch2d/ch2d-top.html可以查詢.
當前的計算機和網絡技術，讓我們將所有的數據庫連在一起，並允許我們從一個數據庫中的一條信息遨遊到其他的數據庫；將一個研究對象的數據與其他各種蛋白質組中的相關數據或圖譜相連. 分析型軟件工具被稱爲蛋白質組分析機器人、數據分析軟件包. 在既定的狀態下，定量研究蛋白質的表達水平，或者計算機輔助數據庫系統建立可將實驗推進一步.因此，蛋白質組分析技術聯合蛋白質數據庫，計算機網絡和其他軟件包合在一起稱爲蛋白質組的機控百科全書(Cyber-encyclopaedia of the proteome).
蛋白質組和基因組共同分析可以產生大量的數據. 當評估每一個數據庫的價值時，難免要考慮兩個條件：1)數據庫是否在任一時刻保持最新；2)何時能夠相互連接，且以整體狀態評估. 目前的發展趨勢：1)信息量呈指數增長；2)蛋白質組計劃的實施會產生新的數據庫；3)致力於模擬細胞內蛋白質的相互作用的新型數據庫；4)建立高級、智慧型的諮詢工具是必需的.