7 屬下物種
巴塘微孔草、長梗微孔草、長果微孔草、長筒微孔草、長葉微孔草、長葉微孔草(原變種)、長圓微孔草、長圓微孔草(原變種)、匙葉微孔草、大花長葉微孔草、大花甘青微孔草、大孔微孔草、多花微孔草、甘青微孔草、甘青微孔草(原變種)、剛毛小果微孔草、光果微孔草、光果西藏微孔草、鶴慶微孔草、吉隆微孔草、尖葉微孔草、寬苞微孔草、麗江微孔草、蓼狀微孔草、卵葉微孔草、卵葉微孔草(原變種)、毛花長葉微孔草、毛花卵葉微孔草、密毛微孔草、木裏微孔草、柔毛微孔草、疏毛長圓微孔草、疏散微孔草、微孔草、無孔微孔草、西藏微孔草、西藏微孔草(原變種)、狹葉微孔草、小果微孔草、小果微孔草(原變種)、小花西藏微孔草、小微孔草、總苞微孔草