顯微鑑定是利用顯微鏡來觀察藥材的組織構造、細胞形狀以及內含物的特徵，用以鑑定藥材的真僞、純度、甚至品質。顯微鑑定通常應用於單憑性狀不易識別的藥材，性狀相似不易區別的多來源藥材，破碎或粉末狀藥材以及中成藥製劑的鑑定。
顯微鑑定的方法因材料和要求不同，有兩類：
（1）完整藥材的顯微鑑定，這類藥材的鑑定首先要製成顯微標本片，然後在顯微鏡下觀察。
（2）粉末藥材的顯微鑑定，製成粉末標本片在顯微鏡下不僅可對藥材進行真僞鑑定，而且可以進行純度鑑定。如麝香的粉末鑑定，能準確地判斷有無摻僞現象，摻僞多少。
顯微鑑定在中藥鑑定方面應用非常廣泛。