薄層色譜法亦稱薄層層析法。是將吸附劑或載體均勻地鋪在玻璃板、塑料板或鋁基片上形成一均勻薄層，待點樣、展開後，與適宜的對照物按同法在同板上所得的色譜圖對比，並可用薄層掃描儀進行掃描，用以進行藥品的鑑別，雜質檢查或含量測定的方法。按分離機制可分爲吸附、分配、離子交換、凝膠過濾等法。適用於微量樣品的分離鑑定，具有分離速度快，分離效率高的特點。
儀器與材料
（1） 玻板
除另有規定外，用10cm×10cm，10cm×15cm，20cm×10cm或20cm×20cm的規格，要求光滑、平整，洗淨後不附水珠，晾乾。
（2） 吸附劑或載體
最常用的有硅膠G、硅膠GF<[254]>、硅膠H、硅膠HF<[254]>，其次有硅藻土、硅藻土G、氧化鋁、氧化鋁G、微晶纖維素、微晶纖維素F<[254]>等。其顆粒大小一般要求直徑爲10～40μm。薄層塗布,除另有規定外，一般可分無粘合劑和含粘合劑兩種；前者系將吸附劑或載體直接塗布於玻璃板上，後者系在吸附劑或載體中加入一定量的粘合劑，一般常用10％～15％煅石膏（CaSO4·2H2O在140℃烘4小時）,混勻後加水適量使用，或用羧甲基纖維素鈉水溶液（0.2％～0.5％）適量調成糊狀，均勻塗布於玻璃板上。也有含一定改性劑如熒光劑或緩衝液等的薄層。
（3） 塗布器
應能使吸附劑或載體在玻璃板上手工或自動塗成一層符合厚度要求的均勻薄層。
（4） 點樣器
一般採用微升毛細管或與之相應的點樣器材。
（5）展開室
可用適合薄層板大小的專用玻璃缸,底部平底或有雙槽，蓋子須密閉。
2.操作方法
（1） 薄層板製備
除另有規定外,將吸附劑1份和水3份在研鉢中向一方向研磨混合,去除表面的氣泡後，倒入塗布器中，在玻板上平穩地移動塗布器進行塗布（厚度爲0.25～0.5mm）,取下塗好薄層的玻板，於室溫下，置水平臺上晾乾，在反射光及透射光下檢視，表面應均勻，平整，無麻點、無氣泡、無破損及污染，於110℃烘30分鐘,冷卻後立即使用或置乾燥箱中備用。或用商品預製板。
（2） 點樣
除另有規定外,用點樣器點樣於薄層板上,一般爲圓點，點樣基線距底邊1.0～1.5cm，樣點直徑一般不大於3mm,點間距離可視斑點擴散情況以不影響檢出爲宜。點樣時必須注意勿損傷薄層表面。
（3） 展開
將點好樣品的薄層板放入展開缸的展開劑中，浸入展開劑的深度爲距原點5mm爲宜，密封，待展開至規定距離，除另有規定外，一般爲8～15cm，取出薄層板，晾乾，按正文項下的規定檢測。
展開缸如需預先用展開劑預平衡，可在缸中加入適量的展開劑，必要時並在壁上貼二條與缸一樣高、寬的濾紙條，一端浸入展開劑中，蓋嚴，使展開缸平衡或按正文規定操作。
（4） 如需用薄層掃描儀對色譜進行掃描供鑑別、檢查或定量，則可用薄層掃描法。
3.薄層掃描法
係指用一定波長的光照射在薄層板上，對薄層色譜有吸收紫外光或可見光的斑點，或經激發後能發射出熒光的斑點進行掃描，將掃描得到的圖譜及積分數據用於藥品的鑑別，雜質檢查或含量測定。
除另有規定外，薄層掃描方法可根據各種薄層掃描儀的結構特點及使用說明，結合具體情況，選擇反射方式，採用吸收法，或熒光法，用雙波長或單波長掃描。測定方法有內標法及外標法，由於影響薄層掃描結果的因素很多，故薄層掃描定量測定應在保證供試品斑點的量在校正曲線的線性範圍內的情況下，與對照品同板點樣，展開，掃描，測量和計算。
用外標法測定時，若對照品各數據點在校正曲線上呈一通過原點的直線時，可用一點法校正，如不通過原點通常宜採用二點法校正，必要時用多點法校正。含量測定時，供試品溶液和對照品溶液應交叉點於同一薄層板上，供試品點樣不得少於4個,對照品每一濃度不得少於2個，薄層掃描定量用的對照品純度應符合含量測定用對照品的要求。