3 腎爲先天之本
腎與免疫系統關係重大，不管細胞免疫或體液免疫都有密切的關聯。抗體的形成與內分泌有密切關係，生長激素通過核酸誘導蛋白作用可生成抗體，而腎上腺的皮質素通過同樣方式可抑制抗體形成，兩者均受下丘腦-腦垂體有關的激素調節。抗體的形成同樣受環核苷酸的調節。腎虛多現免疫功能低下。補腎的淫羊藿，有增強細胞免疫功能，可使淋巴細胞轉化率相應提高。溫補腎陽藥的肉桂、仙茅、菟絲子、肉蓯蓉、鎖陽等，有促進抗體提前形成作用。滋養腎陰藥的鱉甲、玄蔘、沙蔘、天冬、麥冬等，有使抗體存在時間延長的功用。
4 腎陰腎陽
上海第一醫學院對腎陽虛患者進行了血-17羥晝夜節律測定、Su-4885試驗和ACTH試驗，結果說明中醫的腎陽虛與下丘腦-腦垂體-腎上腺皮質系統功能低下有關。臨牀提示溫腎藥具有激素樣作用，能保護腎上腺避免外源性可的松所致的萎縮，即溫腎藥對激素的反饋抑制有一定的拮抗作用。有人還發現長期應用激素形成依賴性頑固性哮喘患者，其腦垂體-腎上腺皮質系統興奮性均較低下，從而認爲腎陽虛的本質，主要是腎上腺皮質功能低下，而垂體功能低下是次要的。腎陰虛的機理較複雜，目前尚缺乏較一致的結論。
5 腎藏精
從分子水平來看，先天之精主要是指生殖細胞中的核酸。腎正常時，可保持性生理功能，也就保持了性細胞中核酸代謝的相對平衡。腎陽虛時其下丘腦-腦垂體-性腺功能低下，相關的核酸代謝也下降，補腎陽藥可恢復核酸的水平。故腎藏精之精，與核酸的關係密切。
6 命門（元陽）
實驗證明，腎上腺素通過cAMP使磷酸化酶活化，促使糖元轉化爲磷酸葡萄糖，再通過三羧酸循環或糖酵解產生ATP供能。有些補腎藥如鹿茸，能改善三羧酸循環和糖酵解，從而改善能量代謝。cAMP同樣調節脂肪代謝，能使脂肪酶活化分解脂肪成甘油和脂肪酸，進一步氧化產生能量。腎上腺的糖皮質素，促使糖元分解，也參加能量代謝。這些激酶活性都是通過核酸而起作用的。故可認爲“命門之火”就是能量（包括熱能）的概念。
7 腎主水
交感神經通過cAMP作用於腎小球動脈細胞使尿量減少，腎上腺素也有類似的作用。同時腦垂體控制抗利尿素，可使腎細胞內cAMP酶活化，促使ATP產生、cAMP增加。cAMP又使細胞對水的通透性增加，產生抗利尿作用，使水分重吸收增加。鹽皮質素促使腎小球、汗腺、胃腸道、唾液腺水分重吸收作用，增加水、鈉、氧化物在體內瀦留，使鉀排出增多。鹽皮質素是受ACTH調節，而ACTH是通過調節靶器官內cAMP和核酸二途徑起作用，增加皮質素的合成。可見腎主水即是通過實現核酸和cAMP相對平衡進而調節水液的代謝。