2017年4月8日零時，《北京市醫藥分開綜合改革實施方案》全面實施，北京市3600多家醫療機構全部取消藥品（不含中藥飲片）加成和掛號費、診療費，所有藥品實行零差率銷售，設立醫事服務費。醫保對門診醫事服務費定額報銷，住院醫事服務費按比例報銷。
一、取消藥品加成，設立醫事服務費
參加改革的醫療機構全部取消藥品（不含中藥飲片）加成和掛號費、診療費，所有藥品實行零差率銷售，設立醫事服務費。醫保對門診醫事服務費定額報銷，住院醫事服務費按比例報銷。
二、規範醫療服務價格
對435個醫療服務項目價格進行有升有降的調整並重新規範。重點提高了牀位、護理、中醫、手術等項目價格，降低了CT、核磁等大型儀器設備檢查項目價格。方案涉及的價格水平是根據國家提供的醫療服務價格項目人力耗時、技術難度、風險程度等技術指標，結合醫務人員人力成本及醫療技術水平、醫療資源的實際情況，綜合平衡外省市現行價格，並在廣泛徵求意見基礎上制定的。
三、實施藥品陽光采購
在保證藥品質量、安全的前提下，組織實施藥品陽光採購，向所有藥品生產企業公開藥品質量信息，動態聯動同廠家、同品規藥品的全國省級藥品集中採購最低中標價格，並在陽光採購平臺予以公示。對於低價短缺藥品則不再設置全國最低參考價，通過市場的價格作用保證臨牀藥品供應。
醫藥分開綜合改革內容，體現了同城同步、三醫聯動、改革與改善相結合的要求，遵循醫療規律，醫事服務費的價格設計和醫保報銷配合，分檔設定，旨在引導常見病、慢性病患者從大醫院轉入基層醫療機構就（復）診、開藥，以推動分級診療格局的進一步形成，讓有限的醫療資源得以優化配置。同時，取消藥品加成、掛號費和診療費，增設醫事服務費；實施藥品陽光採購，降低藥價；調整規範醫療服務價格，上述三項改革措施對患者的就醫影響總體平穩。
改革範圍涵蓋本市行政區域內政府、事業單位及國有企業舉辦的公立醫療機構和解放軍、武警部隊在京醫療機構。政府購買服務的社會辦醫療機構、城鄉基本醫療保險定點的社會辦醫療機構，可自願申請參與本次醫藥分開綜合改革，並執行各項改革政策。
爲推動醫藥分開綜合改革順利實施，北京市衛生計生委還印發了《關於進一步改善醫療服務的通知》，在推進醫藥分開配套各項價格改革、支付改革、控費改革的同時，部署全市各級各類參與改革的醫療機構全方位、多角度改善醫療服務。同時，北京市衛生計生、發展改革、人力社保、食品藥品監督等部門將加強對醫療機構的監督管理，規範醫療行爲，提高醫療服務質量，改善患者就醫體驗，讓人民羣衆在北京醫藥分開綜合改革中有更多的獲得感。
北京醫療資源豐富，但優質醫療資源面對來自全國的醫療需求，又顯緊張和稀缺。由於改革涉及的醫療機構舉辦主體多，隸屬關係複雜。醫藥分開綜合改革本身的政策性、複雜性和敏感性都很強。作爲全國首批17個公立醫院改革試點城市之一，從2012年起，北京市已在友誼醫院等5家市屬三級醫院，2014年、2015年又在密雲、延慶6家區屬二級醫院，進行了系統的醫藥分開改革試點探索。第三方評估顯示，改革取得了優化醫院收入結構、規範處方行爲、加強醫院管理、體現醫務人員技術勞動價值的良好效果。
此次推開的醫藥分開綜合改革將有利於推動分級診療制度，使公立醫院更多地體現公益性，使人民羣衆有更多的獲得感。但任何一項改革都不可能解決所有的問題，北京市將貫徹落實好全國衛生和健康大會精神，按照市委市政府的部署，進一步完善醫療衛生制度建設，促進首都醫療衛生事業更好的發展。
一圖讀懂北京醫藥分開改革改了什麼
